תהליך הביקורת מבוסס, בראש ובראשונה, על ראיונות עם גורמים רלוונטיים בגופים המבוקרים ועל איסוף מסמכים ומידע שאותם מאתרים צוותי הביקורת בגופים המבוקרים. מבקר המדינה יכול להסתייע במומחים שאינם עובדים במשרדו אם יראה צורך בכך. 

נוסף על כך, צוותי הביקורת משתמשים בכלים חדשניים נוספים במסגרת ביצוע עבודתם (לעיתים מופעלים הכלים הללו באמצעות יועץ חיצוני). בין הכלים הללו:

  • שאלונים וסקרים
  • תצפיות
  • הפעלת "לקוח אקראי".
  • מבדקי חדירה.
  • מדגמים.
  • ניתוח בסיסי נתונים.
  • ניתוח מידע כספי.
  • הליך של שיתוף הציבור (למשל, באמצעות קבוצות מיקוד או "שולחנות עגולים").
  • ניתוח שיח ברשתות החברתיות.
  • השוואות בין-לאומיות.
  • שימוש בתוכנות ביקורת סטטיסטיות.