מבנה נציבות תלונות הציבור

נציבות תלונות הציבור במשרד מבקר המדינה מטפלת, באמצעות תשעה אגפים מקצועיים, בתלונות על פגיעה במישרין שמתקבלות מרשויות השלטון ומהגופים הציבוריים.
מנהלת הנציבות, הכפופה למבקר המדינה ונציב תלונות הציבור, אחראית לפעילותם של תשעת אגפי הנציבות ושל מטה הנציבות (שבמסגרתו פועלים המשנה למנהלת הנציבות, סגן מנהלת הנציבות, היועצת המשפטית לנציב ולשכת הנציבות).

אגפי הנציבות מבררים תלונות שנוגעות לכל הממשקים בין הציבור ובין רשויות השלטון. 

• אגף א' מברר בעיקר תלונות על משרד המשפטים, על רשות האכיפה והגבייה, על רשות האוכלוסין וההגירה, על משרד הקליטה ועל אגף רישוי כלי ירייה במשרד לביטחון הפנים.
• אגף ב' מברר בעיקר תלונות של עובדים בגופים הנילונים ותלונות של חושפי מעשי שחיתות.
  אגף ג' מברר בעיקר תלונות על משטרת ישראל, על צה"ל, על משרד התחבורה והבטיחות בדרכים ועל גופי התחבורה הציבורית.
• אגף ד' מברר בעיקר תלונות על רשויות מקומיות, על משרד התיירות, על משרד הכלכלה והתעשייה ועל האגף לעידוד תעסוקת הורים במשרד העבודה.
• אגף ה' ולשכת הנציבות בלוד מבררים בעיקר תלונות על משרד החינוך, על משרד הרווחה והביטחון החברתי, על רשויות מקומיות, על האגפים לשירותים חברתיים ברשויות המקומיות, על שירות בתי הסוהר, על לשכת שירות התעסוקה ועל רשות מקרקעי ישראל. 
• אגף ו' מברר תלונות על משרד הבריאות, על קופות החולים, על משרד הבינוי והשיכון, על חברות משכנות ועל הרשויות המקומיות.
• אגף ז' ולשכת הנציבות בבאר שבע מבררים בעיקר תלונות על המוסד לביטוח לאומי, רשות המסים בישראל, משרד האוצר ורשויות מקומיות. 
• אגף ח' ולשכת הנציבות בנוף הגליל מבררים בעיקר תלונות על המשרד להגנת הסביבה,  חברת החשמל, אגף שיקום נכים במשרד הביטחון והרשויות המקומיות.  
• אגף רימו"ן אחראי למיון ולניתוב של התלונות המתקבלות בנציבות, וכן הוא אחראי לתחום הגישור בנציבות.