מבנה חטיבות הביקורת

חטיבות הביקורת כפופות למבקר המדינה ולמנכ"ל המשרד. אלו הם הגופים המקצועיים העורכים את הביקורות בגופים הציבוריים. לכל חטיבה מספר אגפים, שכל אחד אמון על גופים המשויכים אליו.

אגפי החטיבה לביקורת תחומי החברה והרווחה

• אגף ד' אחראי לביקורת על משרד החינוך, על  הגופים הנלווים אליו ועל הגופים המתוקצבים והנתמכים על ידו, וכן הוא אחראי למוסדות להשכלה גבוהה ולגופים הנלווים אליהם.
  
  
• אגף ה' אחראי לביקורת על המשרד לשירותי דת, על הרבנות הראשית והמועצות הדתיות, על משרד התרבות והספורט, ובכלל זה על הגופים הנלווים אליו, המתוקצבים והנתמכים על ידיו. האגף עושה ביקורת גם על משרד המדע, הטכנולוגיה והחלל, על מפעל הפיס ועל המועצה להסדר ההימורים בספורט (טוטו) וכן על הסתדרויות עובדים.
  
  
• אגף ז' אחראי לביקורת על משרד הבינוי והשיכון, על רשות מקרקעי ישראל ועל חברות דיור ציבורי.
  
  
• אגף י"ג אחראי לביקורת על משרד הבריאות וקופות החולים, על ההסתדרות המדיצינית הדסה, על בתי חולים ממשלתיים ועל מרכזים רפואיים של קופות החולים וכן על מגן דוד אדום.
  
  
• אגף ט"ו אחראי לביקורת על המוסד לביטוח לאומי, על משרד הרווחה והביטחון החברתי, על משרד העלייה והקליטה, על המשרד לשוויון חברתי ועל שירות התעסוקה.

אגפי החטיבה לביקורת משרדי הממשלה ומוסדות השלטון

• אגף א' אחראי לביקורת על משרד ראש הממשלה, על נציבות שירות המדינה ועל משרד הפנים (למעט התחום המוניציפלי), על רשות האוכלוסין וההגירה, על משרד התקשורת וגופי השידור, ועל הכנסת ובית הנשיא.
  
  
• אגף ו' אחראי לביקורת על משרד המשפטים, על הנהלת בתי המשפט, על פרקליטות המדינה, על מייצגי המדינה בערכאות, על משטרת ישראל, על שירות בתי הסוהר ועל כבאות והצלה לישראל.
  
  
• אגף י"ד אחראי לביקורת על מערך הדיגיטל הלאומי ולביקורות מערכתיות-רוחביות בכלל הגופים המבוקרים בתחום טכנולוגיות דיגיטליות ומערכות מידע.
  
  
• אגף כ' אחראי לביקורת על מערך הסייבר הלאומי ועל הרשות להגנת הפרטיות ועושה ביקורות מערכתיות-רוחביות בתחום אבטחת המידע והגנת הסייבר.
  
  
• אגף ט"ז אחראי לביקורת על משרד החוץ, על משרד החקלאות וביטחון המזון ועל מועצות ייצור, וכן הוא אחראי לביקורת על רשויות שבתחום טיפולו של משרד המשפטים, על הרשות לפיתוח והתיישבות הבדואים בנגב, במשרד ירושלים ומסורת ישראל.
  
  
• אגף י"ב אחראי לביקורת על המשרד להגנת הסביבה, על משרד התיירות וחברות ממשלתיות בתחום התיירות, על רשות הטבע והגנים וחברות ממשלתיות נוספות בתחום הגנת הסביבה, וכן הוא אחראי לביקורת על המינהל לפיתוח קרקע בקק"ל.

אגפי החטיבה לביקורת מערכת הביטחון

• אגף א' אחראי לביקורת על משרד הביטחון על רוב יחידותיו.
  
  
• אגף ב' אחראי לביקורת בצה"ל על כל היחידות ואגפי המטכ"ל, למעט על פיקוד העורף ועל יחידות תשתית מסוימות.
  
  
• אגף ג' אחראי לביקורת על פיקוד העורף, על המינהל האזרחי ביהודה ושומרון, גוף מתאם הפעולות בשטחים, המטה לביטחון לאומי (מל"ל), רשות החירום הלאומית (רח"ל), רשות המעברים היבשתיים (רמי"ם) וארגונים העוסקים ברווחת משרתי מערכת הביטחון.
  
  
• אגף ד' אחראי לביקורת על חברות ביטחוניות כמו התעשייה האווירית לישראל בע"מ, רפאל מערכות לחימה מתקדמות בע"מ, נצר השרון בע"מ, אלתא מערכות בע"מ, וכן הוא אחראי לביקורת על המינהל למחקר ולפיתוח אמצעי לחימה ותשתית טכנולוגית (מפא"ת) ועל חלק מיחידות המחקר והפיתוח, התחזוקה והתשתית במערכת הביטחון.
  
  
• אגף ה' אחראי לביקורת על ארגונים ביטחוניים וגופים רגישים.

אגפי החטיבה לביקורת השלטון המקומי

באחריות כל אגף (למעט אגף ו') לבצע ביקורת על תאגידים מוניציפליים, על איגודי ערים ועל אשכולות רשויות מקומיות, וכן על ועדות מקומיות לתכנון ובנייה של הרשויות שבתחום אחריותם של אגפים אלה. 

• אגף א' אחראי לביקורת על רשויות מקומיות באזור המרכז והדרום, על רשויות מקומיות יהודיות בשומרון, על מחוז תל אביב והמרכז במשרד הפנים, על הוועדות המחוזיות לתכנון ובנייה בתל אביב והמרכז, על מרכז השלטון המקומי ועל החברה למשק וכלכלה של השלטון המקומי בע"ם.
  
  
• אגף ב' אחראי לביקורת על רשויות מקומיות באזור המרכז והדרום, על מחוז דרום של משרד הפנים, על מרכז המועצות האזוריות, על הרשות לאכיפה במקרקעין במשרד האוצר ועל הוועדה המחוזית לתכנון ובנייה במחוז הדרום.
  
  
• אגף ג' אחראי לביקורת על רשויות מקומיות באזור הצפון, על מחוז צפון במשרד הפנים ועל הוועדה המחוזית לתכנון ובנייה במחוז הצפון.
  
  
• אגף ד' אחראי לביקורת על רשויות מקומיות באזור ירושלים, המרכז והערבה, על רשויות מקומיות יהודיות ביהודה, על משרד הפנים (התחום המוניציפלי, מחוז ירושלים ואגף בכיר יישובים ישראליים ביו"ש), מינהל התכנון ומטה התכנון הלאומי, והוועדה המחוזית לתכנון ובנייה ירושלים.
  
  
• אגף ה' אחראי לביקורת על רשויות מקומיות באזור הצפון, על המועצה האזורית בקעת הירדן, על מחוז חיפה של משרד הפנים ועל הוועדה המחוזית לתכנון ובנייה בחיפה.
  
  
• אגף ו' עוסק בביקורת על הבחירות ועל מימון המפלגות. כמו כן, האגף אחראי לביקורת על מפלגות ורשימות מועמדים המתמודדים בבחירות לכנסת, והוא אף אחראי לביקורת על סיעות המיוצגות בכנסת, על סיעות ומועמדים המשתתפים בבחירות לשלטון המקומי ועל מועמדים המשתתפים בבחירות הפנימיות (פריימריז) במפלגות.

אגפי החטיבה לביקורת תחומי הכלכלה והתשתיות הלאומיות

• אגף ב' אחראי לביקורת על משרד התחבורה והבטיחות בדרכים, על נתיבי ישראל וחברות הנמלים (ללא נמל חיפה), על חברות לתשתיות תחבורה, על חברת רכבת ישראל בע"מ, חברות רכבת עירוניות ורשות שדות התעופה.
  
  
• אגף ג' אחראי לביקורת על משרד האוצר (ובכלל זה אגף התקציבים, אגף החשב הכללי, ואגף הכלכלן הראשי), על רשות שוק ההון, ביטוח וחיסכון, על בנק ישראל ורשות ניירות ערך.
  
  
• אגף ח' אחראי לביקורת על משרד האנרגייה והתשתיות, על משרד הכלכלה והתעשייה (ללא תחום התעסוקה), על המועצה הישראלית לצרכנות, על רשות התחרות ועל רשות החברות הממשלתיות.
  
  
• אגף ט' אחראי לביקורת על רשות המיסים בישראל, על המשרד לפיתוח הפריפריה, הנגב והגליל ועל המשרד לשיתוף פעולה אזורי.
  
  
• אגף י' אחראי לביקורת על משרד האנרגייה והתשתיות (בתחומי החשמל והמים), על חברת החשמל לישראל בע"מ, על הרשות לשירותים ציבוריים (חשמל), הרשות הממשלתית למים ולביוב, תאגידי מים וביוב וחברת מקורות בע"מ.