הקשר עם הכנסת

מבקר המדינה ונציב תלונות הציבור נבחר על ידי הכנסת לכהונה של שבע שנים, בהצבעה חשאית וברוב מיוחד. לפי חוק יסוד: מבקר המדינה, הכנסת יכולה להדיח את המבקר מתפקידו ברוב של 90 חברי כנסת לפחות.
חוק יסוד: מבקר המדינה קובע כי המבקר אחראי לתת דין וחשבון לפני הכנסת בלבד, הוא אינו תלוי בממשלה במילוי תפקידיו ולכן נהנה מעצמאות שמאפשרת לו לבקר את הרשות המבצעת: המבקר הוא שקובע את נושאי הביקורת ואת תנאי עבודתם של עובדי משרדו.

עצמאות ואי תלות

לאור עקרון העצמאות ואי התלות, שעומד ביסוד קיומו ופעילותו של משרד מבקר המדינה, עובדי משרד מבקר המדינה ונציב תלונות הציבור אינם כפופים לנציב שירות המדינה ולחשב הכללי כמו שאר עובדי המדינה - אלא למבקר המדינה, המחזיק בסמכויות רבות של "נציב שירות המדינה" ו"החשב הכללי" ביחס למשרד ולעובדיו.  

התקציב השנתי של משרד מבקר המדינה ונציב תלונות הציבור נקבע לפי הצעת המבקר ומובא מדי שנה לאישור ועדת הכספים של הכנסת. בתום שנת הכספים מוגש דוח ביצוע התקציב של המשרד לוועדה לענייני ביקורת המדינה.

הדוחות מסייעים לכנסת

המבקר מגיש ליו"ר הכנסת ומניח על שולחן הכנסת דוחות ביקורת המסייעים לה, כרשות המחוקקת, לפקח על הממשלה (שהיא הרשות המבצעת) ועל מוסדות המדינה. באופן הזה מחזקת ביקורת המדינה את עקרון הפרדת הרשויות, שהוא אחד מעמודי התווך של המשטר הדמוקרטי. לאחר שהמבקר מניח את הדוחות על שולחן הכנסת הוא מפרסם אותם לציבור, באופן הקבוע בחוק ועל פי הסייגים שקבועים בו.

הקשר עם הוועדה לענייני ביקורת המדינה של הכנסת

הוועדה לענייני ביקורת המדינה של הכנסת ממלאת תפקיד חשוב בבקרה על פעילותם של גופי הממשל והרשויות המקומיות, והיא מקדמת את תיקון הליקויים שעליהם מצביע מבקר המדינה בדוחותיו ואת שיפור השירות לציבור.

המבקר מוסר דין וחשבון על פעולותיו לוועדה לענייני ביקורת המדינה של הכנסת עד ה-15 בפברואר מדי שנה או כשהיא דורשת זאת ממנו.  הוועדה מקיימת דיונים תדירים בדוחות מבקר המדינה. לדיונים אלה מוזמנים נציגיהם של הגופים המבוקרים ושל גופים אחרים וכן המבקר או נציגיו. נציגי הגופים המבוקרים מתבקשים לעדכן את חברי הוועדה בדבר הפעולות לתיקון הליקויים שצוינו בדוחות הביקורת  או שעלו מהתלונות שביררה נציבות תלונות הציבור.

לאחר כל דיון מכינה הוועדה סיכום הכולל את הנחיותיה לגופים המבוקרים. על פי החוק, אם מליאת הכנסת מאשרת את סיכום הוועדה, מעמדו הוא כשל החלטת הכנסת.