רישום, מיון וניתוב התלונות
התלונות המוגשות לנציבות תלונות הציבור מתקבלות באחד האגפים המטפל ברישום התלונות, במיונן ובניתובן (להלן- אגף רימו"ן).
אם התקבלה תלונה הנוגעת לפעולותיהם של גופים שהנציבות אינה מוסמכת לברר תלונות עליהם, מודיעה הנציבות לפונה כי היא אינה מוסמכת לברר את תלונתו ומפנה אותו, במידת האפשר, לגוף שייתכן שיוכל לסייע לו.
תלונה שהופנתה לאחד הגופים הנילונים והנציבות קיבלה רק העתק ממנה לא תבורר, בהנחה שהיא תבורר בגוף שאליו הופנתה.
אם התקבלה תלונה שעולה ממנה כי המתלונן כלל לא פנה לגוף שעליו היא נסבה, מפנה הנציבות את המתלונן תחילה אל הגוף ומודיעה לו כי אם לא יקבל תשובה מהגוף בתוך פרק זמן סביר או שהתשובה שיקבל לא תספק אותו, הוא יוכל לשוב ולפנות לנציבות.
אם התלונה אינה מגלה פגיעה במישרין במתלונן אלא עוסקת בנושאים כלליים, היא מועברת לאגף הביקורת הנוגע בדבר.
אם התלונה מוגשת בעילום שם היא לא מבוררת בנציבות אלא מועברת לאגף הביקורת הנוגע בדבר.
לאחר מיון ראשוני פותח אגף רימו"ן תיק תלונה ושולח למתלונן אישור על קבלתה. האישור נשלח בדרך כלל בתוך כשבועיים מיום קבלת התלונה. לאחר מכן, מועברת התלונה לטיפולו של אחד האגפים בנציבות העוסק בבירור תלונות על הגוף שעליו היא נסבה.
פתיחת תיק תלונה
משהוגשה תלונה, פותחת נציבות תלונות הציבור בבירורה, אלא אם כן נמצא שהיא אינה עומדת בתנאים לבירור תלונה שנקבעו בחוק מבקר המדינה, התשי"ח – 1958 [נוסח משולב], או שהיא קנטרנית או טרדנית או שהנציבות סברה שהיא אינה הגוף המתאים לבירור התלונה.
בירור התלונה
בדרך כלל, השלב הראשון בבירור הוא פנייה לגוף שעליו היא נסבה כדי לקבל את תגובתו.
הנציבות מוסמכת לברר תלונות בדרך שתיראה לה, והיא אינה כפופה להוראות שבסדר דין או בדיני ראיות; היא רשאית לקיים בירור עם כל אדם או גוף, אם תמצא שיש תועלת בדבר, וכן לדרוש מכל אדם או גוף להשיב על שאלותיה ולמסור לה כל מסמך או ידיעה שלדעתה יש בהם כדי לסייע בבירור תלונה.
הנציבות רשאית להפסיק בירור של תלונה אם נוכחה שהתקיימה אחת העילות המצדיקות אי פתיחת הבירור בעניין, או העניין שעליו נסבה התלונה בא על תיקונו, או אם המתלונן ביטל את תלונתו או לא השיב על פניות הנציבות אליו.
תוצאות הבירור
אם מצאה הנציבות בתום הבירור כי התלונה מוצדקת, היא מודיעה על כך למתלונן ולנילון ומציינת את הנימוקים לכך. על פי חוק מבקר המדינה, הנציבות רשאית להצביע לפני הנילון על הצורך בתיקון ליקוי שהעלה הבירור ועל הדרך ועל המועד לתיקונו. על הנילון להודיע לנציבות על הצעדים שנקט לתיקון הליקוי.
כשמדובר בתלונה של עובד המתלונן שזכויותיו נפגעו מפני שחשף מעשי שחיתות בגוף שבו הוא עובד, אם התלונה על הפגיעה נמצאה מוצדקת, רשאי נציב תלונות הציבור לתת צווים מחייבים כדי להגן על זכויותיו של עובד זה, לרבות צו לביטול פיטוריו או למתן פיצויים מיוחדים.
ככלל, להחלטות נציב תלונות הציבור אין תוקף של צו מחייב (פרט להחלטותיו לפי סעיף 45ג לחוק מבקר המדינה, שעניינו ההגנה על חושפי מעשי שחיתות). עם זאת, ברוב המקרים מכבדים הגופים הנילונים את החלטות הנציב וממלאים אחריהן.