ניצול תקציבי - בשנים 2007 - 2019 היה ניצול חלקי של הכספים שהתקבלו בקרן מהיטל ההטמנה להגשמת מטרותיה בתחום הטמנת הפסולת (כ-37%). לכן בסוף שנת 2020 הצטברו בה כספים עודפים בסך כ-3.2 מיליארד ש"ח.
שיעורי הטמנה - למרות הגידול ההדרגתי בתעריף היטל ההטמנה (בשיעור כולל של 987% מ-2007 עד 2020), הירידה בשיעור ההטמנה של פסולת עירונית בישראל הייתה מתונה, ושיעורי ההטמנה של פסולת בישראל (77%) כפולים כמעט מהשיעור הממוצע במדינות החברות ב-OECD (42%).
המבנה הארגוני לניהול הקרן - אף שהמשרד להג"ס בחן את המבנה הניהולי של הקרן אל מול החלופות המבניות ב-2016, ולאחר מכן ב-2018, לנוכח אי-מיצוי פעילות הקרן - תהליך זה לא הבשיל לכדי החלטה של הנהלת המשרד והנהלת הקרן לגבי המבנה המיטבי של הקרן למימוש יעדיה.
בחינת אפקטיביות - הקרן אינה בודקת את אפקטיביות פעולותיה ואינה בודקת אם הקצאת משאביה קידמה לאורך שנים את מטרותיה שנקבעו בחוק, ואם כן - באיזו מידה.
דוחות פעילות - השר להגנת הסביבה והנהלת הקרן לא העבירו לוועדת הפנים והגנת הסביבה של הכנסת דוחות בתדירות המתחייבת בחוק, בהתייחס לפעילות הקרן בשנים 2018 ו-2019; בנובמבר 2020 העביר המשרד להג"ס, בשם השר להג״ס ובשם הנהלת הקרן, דוח דו-שנתי על פעילות הקרן ועל ...
הליך אישור תקציב הקרן - בשנים 2019 - 2021 לא אושר תקציב תלת-שנתי לפעילות הקרן. כמו כן, הליך האישור של התקציב השנתי התקיים בתקופה זו רק בכל הנוגע לחשבון הכללי (מבין ארבעת חשבונות הקרן).
תמיכה ברשויות מקומיות - בעקבות שבע החלטות הממשלה מינואר 2018 עד יוני 2021 על תמיכה ברשויות מקומיות מסוימות, אישרה הנהלת הקרן העברת תקציבים לרשויות אלה בלא שקיימה הליך בחינה לגבי כלל הרשויות הנוגעות בדבר על פי אמות מידה מוגדרות, ואף במקרה מסוים שבו פורס...
השקעת יתרות הכספים - בביקורת עלה כי אף שהצטברו בקופת הקרן יתרות כספים בהיקפים של 0.5 - 3.9 מיליארד ש"ח בשנים 2011 - 2020, כספי הקרן לא הושקעו ואינם מניבים תשואה. משרד מבקר המדינה מעריך את אומדן ההכנסה הפוטנציאלית לקרן מהשקעת יתרות כספים שהצטברו בה בשני...
העברות כספים מהקרן לאוצר המדינה - 1.66 מיליארד ש"ח מכספי חשבון היטל ההטמנה של הקרן הועברו בשנים 2016 - 2020 לתקציב המדינה כנגד הרשאה להתחייב. במצב דברים זה, אף שהסכום הומר בהרשאה להתחייב, שימשה הקרן הלכה למעשה כמקור תקציבי למימון פעולות הממשלה - שלא על...