איכות השירות בוועדות הרפואית אינה מספקת. הדבר התבטא במשך זמן ההמתנה הארוך לקבלת החלטה בוועדה (113 ימים בממוצע בוועדת נכות מעבודה), בשונות בין זמני ההמתנה בסניפים השונים, בשיעור גבוה של עצירת דיונים (עד 32%), בזמינות השירות בוועדות המשך קריאה בקובץ המצורף
המבנה הארגוני של מערך הוועדות המאופיין בריבוי מנהלים איננו יעיל. כעשור לאחר פרסום דוח מבקר המדינה הקודם ולאחר המלצות של ועדות שונות לשינוי, המטרה המוסכמת לפיה יש לשפר את המבנה הארגוני והתפעולי של הוועדות הרפואיות טרם הושגה.
לאורך השנים נעשו ניסיונות להסדיר את תהליכי עבודת הוועדות הרפואיות ולהגדיר בבירור את הגורם האחראי לניהולן ואת סמכויותיו, אך ניסיונות אלו לא צלחו. אי-הסדרה זו מונעת שיפור באיכות השירות בוועדות.
עולה חשש כי קשישים במצב סיעודי אינם מודעים לזכאותם להיבדק בוועדה לפטור ממס הכנסה ולכן לא מיצו זכות זו (כ-93% מהקשישים הסיעודיים שאינם זכאים לגמלת סיעוד ומעסיקים עובד זר לא מיצו את זכותם לפנות לוועדה בשנת 2018). המשך קריאה בקובץ המצורף.
תהליכי בקשת הפטור ממס הכנסה והזימון לוועדות הרפואיות אינם מונגשים באופן מקוון.