רשות העתיקות (להלן - הרשות) הוקמה באוגוסט 1989 על-פי חוק רשות העתיקות, התשמ"ט-1989. הרשות ממונה על אכיפת חוק העתיקות, התשל"ח-1978 (להלן - חוק העתיקות), ועוסקת, בין היתר, בחשיפה וחפירה של אתרים, בשימורם, בפיתוחם ובשחזורם; בשימור עתיקות ושחזורן; בפיקוח על חפירות ארכיאולוגיות; בניהול אוצרות העתיקות של המדינה; בפיקוח לשם מניעת עבירות לפי חוק העתיקות; בעריכת מחקרים ארכיאולוגיים וקידומם; בריכוז, בתיעוד וברישום של מידע ארכיאולוגי.
על מועצת הרשות להיות מעורבת יותר בעיצוב מדיניות הרשות בנושאים העקרוניים שבטיפולה ובמעקב אחר ביצוע התקציב במשך השנה, דבר שלא נעשה במידה מספקת בשנים האחרונות. עליה להקפיד לדון ולאשר את תקציב הרשות בתחילת כל שנה. הוועדות הקבועות שהקימה מועצת הרשות (ועדת הכספים וועדת ביקורת) לא תפקדו כראוי.
מאז 1993 מעסיקה הרשות עובדים משירות התעסוקה ששכרם משולם בידי משרד העבודה. במקרים מסוימים קיבלה הרשות בעבורם מימון כפול, ממשרד העבודה ומגופים שמבצעים עבודות פיתוח ובנייה בשטחים שבהם עושים חפירות ארכיאולוגיות, מע"ץ, חברת "מקורות", משרד הביטחון, רכבת ישראל, משרד הבינוי והשיכון ואחרים. בהעסקת עובדים אלה בחפירות עבור יזמים לא מושג היעד של הגדלת מספר המועסקים, מאחר שאלמלא העסקת עובדי השירות ממילא היו היזמים מעסיקים על חשבונם אחרים.
הכרזה על אתרי עתיקות היא אמצעי חשוב לשמירתן, אולם להכרזה השפעה על הזכויות במקרקעין, כיוון שערך הקרקע באתר המוכרז עלול לרדת בשל המגבלות שחלות על השימוש המותר בה. בשל מחלוקת בין הרשות למשרד המשפטים הופסקו ההכרזות כליל. בשטח המדינה כ-17,000 אתרי עתיקות מוכרזים. הכרזות העבר, שבהן הוכרזו שטחי קרקע גדולים אתרי עתיקות, פוגעות לעתים יתר על המידה בבעלי הקרקע. כך נפגעים הן אינטרס הפרט הן אינטרס הכלל.
הרשות לא מסרה הודעות לבעלי מקרקעין שהוכרזו אתרי עתיקות, כנדרש בחוק העתיקות, דבר שעלול לגרום נזק רב למחזיקי המקרקעין הללו. על הרשות, על משרד החינוך ועל משרד המשפטים לפעול לאלתר לשם מילוי הוראות החוק בעניין זה.
חפירות בדיקה נועדו לקבוע את הצורך בחפירות הצלה והיקפן. לטענת הרשות, רק לה הסמכות לעשות חפירות בדיקה. לדעת משרד מבקר המדינה, הדברים אינם עולים מהחוק כפשוטו, וראוי כי סמכות בלעדית תוענק במפורש בחקיקה ראשית.
החלטת הממשלה על פרסום מכרזים לחפירות הצלה ארכיאולוגיות חלה על משרד הבינוי והשיכון, על מע"ץ, על חברת "מקורות" ועל משרד הביטחון. במקרים רבים החלטה זו לא יושמה.
בפרויקטים שבדק משרד מבקר המדינה הועלו הממצאים האלה: בפרויקט מוצא שיתפה הרשות פעולה עם מע"ץ ברישום לא מדויק של העלות האמיתית של החפירה בספרי מע"ץ. מע"ץ פעלה בניגוד לחוק חובת המכרזים, התשנ"ב-1992, ולהנחיות הממשלה, המחייבות מכרז בעבודות של חפירות ארכיאולוגיות. פעולות הרשות באלעד יוצרות רושם שהיא פעלה כדי להקשות על הגורמים המתחרים בה בביצוע חפירות הצלה.
קיים ניגוד עניינים מובנה בפעילות הרשות: היא קובעת את היקף החפירה, מתחרה על ביצועה, מפקחת על המתחרים ונותנת את אישורה לסיום העבודה. למשל, כאשר הרשות מתמודדת על ביצוע חפירה, והכנסותיה תלויות בכך, יש התנגשות בין רצונה לעשות את העבודה ובין יכולתה לפקח על הזוכה במכרז.
ערך נכס עלול להיפגע בשל מיקומו בתחומי אתר ארכיאולוגי מוכרז, ופיתוחו עלול להתעכב ולהיות כרוך בהוצאות נוספות עקב כך. מן הראוי לשקול לשווק קרקעות רק לאחר שנעשו הסקרים והבדיקות, והתבררו דברים אלה: הימצאות עתיקות בשטח, חשיבותן, המגבלות התכנוניות הנובעות מכך ומשמעותן הכלכלית.
על בעל רישיון לחפירה לפרסם בתוך חמש שנים מיום סיומה פרסום מדעי מתאים על החפירה. קיים פיגור גדול בפרסום דוחות על חפירות; אי-פרסום הדוחות פוגע במחקר הארכיאולוגי.
ליד המועצה לארכיאולוגיה הוקמה ועדת ערר לדיון בעררים על החלטות הרשות. בשנים 2000-2002 הוגשו 19 עררים, ורק ב-12 התקיים דיון ראשון. זמן ההמתנה הממוצע בין הגשת הערר לדיון הראשון היה באלה כ-16 חודשים. ברוב המקרים לא הסתיים הטיפול בעררים, אף שחלף זמן רב מאז הוגשו.