עצמאות הרשויות לפיתוח וגיוס משאבים ממקורות חיצוניים - הרשויות לפיתוח מתבססות על מסגרות התקציב שהן מקבלות מהמשרד לפיתוח ואינן ממצות דרכים לגיוס משאבים נוספים המוקנות להן בחוק. כפועל יוצא, למרות עצמאותן כרשויות חקוקות המשרד לפיתוח המשך קריאה בקובץ המצורף.
חסמים למיצוי משאבים על ידי הרשויות המקומיות בנגב ובגליל - הרשויות המקומיות אינן ממצות את המשאבים שהמשרד לפיתוח ורשויות הפיתוח מעניקים להן בשל החסמים האלו: היעדר אפשרות להגשה מקוונת של בקשות תמיכה במענה על קולות קוראים; היעדר הנגשה המשך קריאה בקובץ המצורף.
ביצוע פרויקטים - הוחלט להאריך מיזם משותף של המשרד לפיתוח בשנה נוספת אף שבשנה קודמת לא עמדה השותפה למיזם בתנאיו. ברשות לפיתוח הנגב אושר פרויקט אף על פי שעלה ספק בדבר הלימתו ליעדי הרשות, ובפרויקט אחר פעל אחד מעובדי הרשות להכוונת המשך קריאה בקובץ המצורף.
תהליך מינוי מנכ"ל לרשות לפיתוח הנגב ב-2016 - בין חברי הוועדה התעוררה מחלוקת בנוגע לניסיון העבודה של המועמד שנבחר, בניהול מערכת בעלת היקף כספי משמעותי. יצוין כי הוועדה לבדיקת מינויים בחנה ואישרה את המינוי.
העסקת יועצים - ועדות המכרזים ברשויות הפיתוח בחרו בהליך מכרזי שני יועצים לקשרי ממשל ויועצת להעצמה נשית בלי שהוצג לוועדות מסמך המפרט את הצורך הנוגע להעסקתם. לשני היועצים שהועסקו ברשות לפיתוח הגליל היה רקע מקצועי במתן שירות למפלגת השר לפיתוח.