סעיף 21 לחוק מבקר המדינה, התשי"ח-1958 [נוסח משולב], קובע כי "המבקר חייב בהכנת חוות דעת בכל עניין שבתחום תפקידיו, אם יתבקש לכך מאת הכנסת, מאת הוועדה [לענייני ביקורת המדינה] או מאת הממשלה; חוות דעת כאמור תפורסם במועד שיקבע המבקר". הוועדה לענייני ביקורת המדינה של הכנסת דנה ב-22.10.07 בנושא "חפירות הווקף בהר הבית", והחליטה לבקש ממבקר המדינה להכין חוות דעת "על סוגיית חפירת העתיקות בהר הבית".
הוועדה ביקשה זאת לאחר שקיימה דיון בנושא, בעקבות עתירה שהוגשה לבית המשפט העליון בשבתו כבג"ץ, בידי הוועד הציבורי למניעת הרס העתיקות בהר הבית והעיתון ג'רוסלם פוסט. העותרים ביקשו צו על תנאי וצו ביניים שיורה על הפסקת החפירות של תעלות לחידוש קו החשמל מצפון הר הבית למסגד אל אקצא שבדרום ההר שעשה הווקף המוסלמי, בקיץ 2007, באישור משטרת ישראל ובפיקוח רשות העתיקות. ב-11.3.10 החליט בג"ץ למחוק את העתירות .
ארבע רשויות עוסקות באכיפת החוק בהר הבית: משטרת ישראל, רשות העתיקות, עיריית ירושלים ומשרד המשפטים. משטרת ישראל מופקדת על קיום הסדר הציבורי ועל ביטחון הנפש והרכוש; רשות העתיקות מופקדת על שמירת העתיקות; עיריית ירושלים אחראית על שמירת חוקי התכנון והבנייה. רשויות אלה נדרשות לדווח ליועץ המשפטי לממשלה על כל הפרה רצינית ומהותית של דיני התכנון או העתיקות. כמו כן לכל פעולת אכיפה בידי הרשויות נדרש תיאום עם היועץ המשפטי לממשלה. בשנת 1988 פרסם היועץ המשפטי לממשלה הנחיות לפעולת הרשויות השונות בהר הבית, שמעת פרסומן ועד היום הן מחייבות.
לצורך הכנת חוות הדעת בדק משרד מבקר המדינה את התנהלות הרשויות הנוגעות לנעשה בהר הבית. הבדיקה התמקדה בשנים 2001-2007, בדיקות השלמה נעשו בשנת 2010. הבדיקה נעשתה במשרד ראש הממשלה, במשרד המשפטים, במשרד החוץ, במשרד לביטחון הפנים, במשטרת ישראל, ברשות העתיקות, בעיריית ירושלים ובוועד הישראלי לאונסקו הפועל במשרד החינוך. כמו כן התקיימו פגישות עם גופים שונים, לרבות ארכאולוגים ואנשי מקצוע נוספים העוסקים בנושא.
הטיפול בנושא הר הבית צופן בחובו מורכבות ורגישות רבה. הטיפול בהר הבית אינו יכול להיות מעצם טיבו נושא המנותק מבעיות של יחסי יהודים-ערבים במדינת ישראל ובאזורי יהודה והשומרון וחבל עזה; ולא ניתן לנתקו משאלות הכרוכות ביחסי המדינה עם מדינות ערב, עם העולם המוסלמי ואלו הנוגעות ליחסי החוץ של ישראל בכלל.
הוועדה לענייני ביקורת המדינה של הכנסת, בהתייעצות עם מבקר המדינה, החליטה שלא להניח פרק זה במלואו על שולחן הכנסת, ולפרסם רק את המבוא ועיקרי הסיכום שלו, לשם שמירה על ביטחון המדינה וכדי למנוע פגיעה ביחסי החוץ שלה, בהתאם לסעיף 17 לחוק מבקר המדינה, התשי"ח-1958 [נוסח משולב].
סיכום
חוות הדעת שהכין מבקר המדינה עסקה בשמירה על עתיקות הר הבית ובמניעת הריסתן. הר הבית הוא אתר מקודש לצד היותו נכס היסטורי ייחודי. מכוח צו סדרי השלטון והמשפט (מס' 1), התשכ"ז-1967, חלים בהר הבית כל חוקי המדינה. מהבחינה ההיסטורית היה הר הבית מוקד לעימותים רבים בין יהודים למוסלמים. מבקר המדינה נדרש לחוות את דעתו בנושא זה, שהוא סבוך מהבחינה ההיסטורית, הפוליטית, המשפטית והמינהלית.
במשך השנים עשה הווקף עבודות רחבות היקף בהר הבית, ובעיקר באורוות שלמה. ליקויים משמעותיים נמצאו בביצוע הפיקוח על רוב העבודות שנעשו בשנים שבהן התמקדה הביקורת (2001-2007). עבודות אלה נעשו ללא תיאום עם הרשויות העוסקות באכיפת החוק בהר הבית וללא קבלת אישורים והיתרים כנדרש. חלקן אף בוצעו באמצעות כלים מכניים, ולמרבה הצער תוך פגיעה בממצאים ארכאולוגיים. יוצא אפוא, שהנחיות היועץ המשפטי לממשלה, משנת 1988, לפיהן יש לקיים פיקוח שוטף על ההר לא מולאו במלואן, ועקב כך ליועץ המשפטי לממשלה לא הייתה תמונה שלמה בנושא הפרות החוק בהר הבית. יצוין, שמאז שנת 2007 נעשו פעולות לתיקון חלק מן הליקויים שעלו בחוות הדעת.
השמירה על עתיקות הר הבית ומניעת הריסתן היא משימה ציבורית מן המעלה העליונה. חשוב להדגיש כי כל עבודה וחפירה בהר הבית יש לבצע בכפוף לאופיו של המקום, בקבלת ההיתרים הנדרשים ובעמידה בכל הכללים הארכאולוגיים. ככלל יש להתנות את אישור ביצוען של העבודות המצריכות חפירה באתר באי הפעלת כלים כבדים.
שמירת עתיקות בהר הבית, שהוא מקום מקודש ביותר עולה בקנה אחד עם עקרון השמירה על המורשת הדתית והתרבותית ומאפשרת להנחיל לדורות הבאים את ערכי המורשת הקשורים לאתר. יצוין, שבשנת 1981 הכריזה ועדת המורשת העולמית של "אונסקו" כי העיר העתיקה של ירושלים על חומותיה נכללת ב"רשימת מורשת עולמית", ובשנת 1982 היא הוכרזה כ"אתר מורשת בסיכון".