שירותי דת לאוכלוסיית המיעוטים - במסגרת תפקידו למתן שירותי דת לכלל האוכלוסיה בארץ /תראי משרד הדתות גם על מתן שירותי דת לאוכלוסיית המיעוטים. בענייני בדת של העדה המוסלמית והעדות הנוצריות, שהן עדות מיעוטים גדולות, מטפלות המחלקה המוסלמית והמחלקה לעדות נוצריות במשרד.
המחלקה המוסלמית, המונה שלושה עובדים, משתתפת במימון הקמה של מבני דת, מעבירה מענקים לאנשי הדת המוסלמית ולוועדי הנאמנים. עוד ממנת המחלקה את פעולתם של שישה בתי הדין השרעיים ובית הדין לערעורים, שבסמכותם הטיפול בענייני המעמד האישי של בני העדה המוסלמית. התקציב המאושר של המחלקה לשנת הכספים 1978 היה 8 מיליון ל"י; עוד אושר סך כל כמליון ל"י למימון מבני דת שלא במסגרת התקציב (ראה להלן).
המחלקה לעדות נוצריות המונה חמישה עובדים (שניים מהם עוסקים בעריכת רבעון חדשות נוצריות) מטפלת בענייניהן השוטפים של העדות הנוצריות ובפעולות הסברה וייעוץ. שירותי הדת נוצריות) מטפלת בענייניהן השוטפים של העדות הנוצריות ובפעולות הסברה וייעוץ. שירותי הדת בתי דין, בתי ספר, מוסדות בריאות, סעד וצדקה. עוד מממנות העדות הנוצריות את תשלומי השכר לאנשי הדת. תקציב המחלקה לעדות נוצריות מיועד ברובו לכיסוי מיסים לרכישות מוצרים על ידי בני העדה ובשנים האחרונות גם לרכישות חומרי בנין ומוצרים להקמת מרכז דתי לעדה הבהאית. בטיפול ביתר ענייני העדה הבהאית עוסקת יחידה אחרת במשרד.
בשנת הכספים 1977 הוציאה המחלקה בקשר לעדות נוצריות כ-40 מיליון ל"י. מסכום זה הוציאה המחלקה 11 מיליון ל"י לכיסוי מיסים לרכישות של העדות הנוצריות ו-29 מיליון ל"י לכסוי מסים לרכישות של העדה הבהאית- 27 מיליון לרכישות להקמת המרכז הדתי והיתרה לרכישות של בני העדה.
בחודשים פברואר-אפריל ודצמבר 1978 בדק משרד מבקר המדינה את טיפולן של המחלקות בענייני הדת של המוסלמים ושל העדות הנוצריות. במחלקה המוסלמית נערכה ביקורת כוללת ובמחלקה לעדות נוצריות- ביקורת על טיפולה בכיסוי מסים עבור רכישות. בירורי השלמה נערכו באגף המכס שבמשרד האוצר.