מרכז קשר - מרכז קשר (להלן- המרכז), הכפוף למיפקדת קצין קשר ואלקטרוניקה ראשי, נועד לתכנן ולהפעיל קשר בכוחות היבשה. תפקידיו העיקריים: לתכנן ולפתח מערכות ייעודיות, לגבש תורת הפעלה של קשר ייעודי, ולהטמיע את נושא הקשר הייעודי למפקדים; להכשיר כוח אדם מקצועי בשירות סדיר ולאמן כוח אדם מקצועי במערך המילואים; להכין תכניות מבצעיות לתפעול מערכות קשר ייעודיות ברמת הפיקוד; לתחזק מערכות וציוד ייעודיים. עוד מוטל על המרכז לקיים כוננות מבצעית שוטפת של צוותי כוננות.
בחודשים ספטמבר-דצמבר 1981 ערך משרד מבקר המדינה ביקורת במרכז. נבדקו: היערכות המרכז לפריסת חירום, ענייני כוח אדם, אתרי פריסה, קיומן של מערכות שליטה וקשר מסוימות בפיקודים ובבסיסים, עזרי מודיעין להפעלת קשר; תרגול עוצבות צה"ל; תחזוקת ציוד ייעודי וציוד קשר סטנדרדי; הצטיידות במערכות קשר ויכולת הפעלת קשר,נוכח מצבים מסוימים. הביקורת התייחסה לפעילות בתקופה אוקטובר 1980- דצמבר 1981. בדיקות השלמה נערכו בשלושה מאגפי המטה הכללי (אגף התכנון, מחלקת ההדרכה, אגף האפסנאות), במיפקדות של שני פיקודים, במיפקדת קצין קשר ראשי ובמיפקדת קצין חימוש ראשי; במיפקדות של שתי אוגדות ובארבעה מרכזים של אג"א.
ביטחון שוטף בנפה של המימשל הצבאי - בחודשים מארס-ספטמבר 1981 , לסירוגין, ערך משרד מבקר המדינה ביקורת בנפה של המימשל הצבאי. נבדקו: ביצוע פעולות הביטחון השוטף, אבטחת נשק, מצאי עזרי מודיעין, תקנים, אחזקת רכב, ניפוק וניצול של דלק. בדיקות השלמה נערכו במיפקדת איזור יהודה ושומרון.
הנפה שנבדקה הייתה בתקופת הביקורת אחת משבע הנפות של המימשל הצבאי באיזור יהודה ושומרון. מיפקדת הנפה שימשה מיפקדת משולבת, הממונה על הנושא הצבאי-ביטחוני ועל המינהל האזרחי.
מיפקדת הנפה כללה מפקד (מושל), סגן מפקד וגופי מטה בתחום המבצעים, מודיעין, ניהול (תחזוקה) והמינהל האזרחי. בספטמבר 1981 מנתה מצבת כוח האדם הסדיר בנפה 59 קצינים וחיילים, לעומת תקן של 55 קצינים וחיילים. לביצוע משימות הביטחון השוטף קיבלה המיפקדה כוחות תגבור, כמפורט להלן.
יחידת מודיעין פיקודית - יחידת המודיעין של פיקוד הדרום נועדה לשאת באחריות למתן התרעה מודיעינית למלחמה ולפעילות חבלנית עוינת בגיזרת הפיקוד; לעבד ולהפיץ מודיעין ועזרי מודיעין ליחידות הפיקוד; לתכנן ולהפעיל תכנית פיקודית לאיסוף מודיעין; להדריך ולהטמיע את נושאי הכרת האויב בקרב יחידות הפיקוד; לקיים קשרים הדדיים בנושאי התרעה ומחקר עם אגף המודיעין במטכ"ל; וכן לשאת באחריות מטה, ארגונית ומקצועית, ליחידות המודיעין הכפופות לפיקוד.
בחודשים נובמבר 1981- ינואר 1982 ערך משרד מבקר המדינה ביקורת ביחידת המודיעין הפיקודית. נבדקו; סדרי הפעלה; קובץ פקודות הקבע להפעלת היחידה ברגיעה ובשעת חירום; מצאי מפות לסוגיהן במחסני החירום הפיקודיים ומצאי ועדכניות תיקי מודיעין שטח; המפות לצריכה שוטפת; שיבוץ כוח אדם ומבנה היחידה בהשוואה לפקודת האירגון; ניהול כרטסת ידיעות ומפת מודיעין ראשית לצורכי מחקר שטח; הוצאת דו"חות פיענוח לגיחות צילום אוויריות; עירבון נתוני מודיעין שטח על גבי מפות ומפות תצלום; ואבטחת מסמכי מודיעין רגישים. בדיקות השלמה נערכו במיפקדת קצין מודיעין ראשי: מחלקת איסוף, מחלקת מודיעין שדה, מחלקת תיכנון ואירגון, יחידת ביטחון שדה של חיל המודיעין ויחידת הפיענוח של תצלומי אוויר.