במחלקה לישיבות נערכה ביקורת חוזרת על סדרי הטיפול בתמיכות הניתנות למוסדות להשכלה תורנית. במיוחד נבדקו סדרי הפיקוח על המוסדות לקביעת זכאותם להקצבות ולקבלת דיווחים כספיים מהם.
נבדקו סדרי ההרקה של קופות צדקה המוצבות במקומות קדושים בארץ וסדרי חלוקת הכספים לנצרכים. הבדיקה התייחסה גם לדרך הקצאת הכספים למועצות דתיות.
במחלקה לבתי כנסת נבדקו ההסדרים להבאת ספרי תורה מחוץ לארץ והועדתם לבתי כנסת בארץ.
.נבדקו פעולותיה של היחידה לביקורת פנימית של המשרד (ראה בדו''ח זה, עמי 68).