פעולות בנייה ופיתוח ביהודה ושומרון - הפעולות ליישוב יהודה ושומרון מתבססות על החלטותיה של הוועדה להתיישבות המשותפת לממשלה ולהסתדרות הציונית העולמית. ועדה זו ידועה בשם "ועדת שרים להתיישבות" (להלן- הוועדה להתיישבות). על פי האמנה, בין ממשלת ישראל לבין ההסתדרות הציונית העולמית, מוסמכת הוועדה להתיישבות להחליט על פעולות ההתיישבות ברחבי ארץ ישראל, והחלטותיה הופכות להחלטות הממשלה, אם לא נקבל ערעור בממשלה של שר משריה. בראש הוועדה להתיישבות עומד שר החקלאות וחברים בה שבעה שרי ממשלה ושבעה נציגים של הנהלת ההתסדרות הציונית העולמית.
נוסף לחבריה משתתפים בישיבותיה גם נציגים מקצועיים ממשרדי הממשלה, מההסתדרות הציונית והסוכנות היהודית, ממוסדות וחברות ממשלתיות, צה"ל וגופים מיישבים, לפי הנושא המועלה בה לדיון. עיקר תפקידם של נציגים אלה הוא להכין את הנושאים לדיון ולתת חוות דעת מקצועית של משרדם בכל הקשור לתכנון הישובים והקמתם.
הקמת אלפי-מנשה (קרני שומרון ג') - ב-28 באוגוסט 1979 החליטה הוועדה להתיישבות, המשותפת לממשלה ולהסתדרות הציונית העולמית (להלן- הוועדה להתיישבות), לאשר הקמתם של ארבעה ישובים בשומרון, במסגרת הרחבתם של אזורי התיישבות קיימים. בין אלה נכלל הישוב קרני שומרון ג' שיועד לשיכון צבא קבע ששמו הוסב במהלך הזמן לאלפי מנשה.
בחודשים אוגוסט- נובמבר 1983 בדק משרד מבקר המדינה את התכנון והביצוע של פעולות ההתיישבות בעקבות החלטת הוועדה להתיישבות, בדבר הקמת אלפי מנשה. הבדיקה נערכה במשרד הבינוי והשיכון ונתקבלו הסברים ממשרד הביטחון. בענין פעולות משרד הבינוי והשיכון ביישוב יהודה ושומרון (ראה בדו"ח זה עמ' 103).