הביקורת בנושא ניהול אפסנייה, שבאחריות יחידות הקמ"טים באזורים יהודה והשומרון וחבל עזה, נערכה בחודשים אוקטובר - דצמבר 1978 ופורסמה בדו"ח שנתי 29 של מבקר המדינה, עמ' 773.
הביקורת שפורסמה בדו"ח השנתי 29 התייחסה בעיקר לנושאים הבאים: היעדר נהלים מקיפחם ומפורטים בדבר ניהול אפסנייה, וניהולה בפועל שלא על פי ההוראות; היעדר הכשרה מקצועית מתאימה למרבית העובדים המועסקים בניהול אפסנייה; ביטוח אפסנייה ומבנים; סדרי כיבוי אש.
בחודשים פברואר - אפריל 1985 ערך משרד מבקר המדינה, לסירוגין מעקב במספר יחידות קמ"טים בשני האזורים, שתכליתו לבדוק באיזו מידה תוקנו הליקויים שהועלו בדו"ח מבקר המדינה.