א. בשנות הכספים 1983 - 1985 חרגה רפא"ל מההיקף שקבע לה מנכ"ל משרד הביטחון לצורכי מחקר ופיתוח עצמי. החריגה היתה בין 12.3% ל-18%.
ב. רפא"ל עורכת תכניות עבודה רב-ישנתיות. משרד הביטחון אינו מקבל מרפא"ל את התכניות הרב-שנתיות, הכוללות גם התייחסות לתכניות מחקר ופיתוח במימון עצמי, וממילא אינו דן בהן.
ג. הנהלת רפא"ל טרם קבעה את הכיוונים הטכנולוגיים וכיווני הפיתוח העיקריים שכוונתה לעסוק בהם מבחינת המחקר והפיתוח העצמי.
ד. לשם קביעת צורכי מערכת הביטחון ויעדי ההשקעה של רפא"ל במו"פ עצמי יש צורך בתיאום ובהעברה מסודרת של מידע, בין המינהל למחקר ופיתוח אמצעי לחימה ותשתית לייצור, גורמי צה"ל ורפא"ל. מערכת הביטחון לא קבעה הליכים פורמליים לתיאום והעברת המידע.
ה. בסוף 1982 החליטה רפא"ל להשקיע אמצעים בקדם-פיתוח מסוים. ההחלטה נתקבלה בניגוד להמלצת צוות של צה"ל, שהוא הצרכן העתידי, ללא תיאום עם מערכת הביטחון ובלי שהיה לרפא"ל יתרון יחסי בתחום זה. בסוף 1985 הפסיקה רפא''ל את פעילותה בקדם-פיתוח זה, לאחר שהשקיעה בו 710,000$.
ו. ב1983 החליטה רפא"ל להשקיע אמצעים בקדם-פיתוח אחר בלא שערכה סקר על התפיסה הגלומה בו. בסוף 1985 הפסיקה רפא"ל את קדם-הפיתוח לאחר שהשקיעה בו 2.8 מיליון דולרים.
ז. בשנים 1982 - 1984 לא הגישו החוקרים את כל הדו"חות הטכניים לגבי מחקרים כלליים נמשכים ומחקרים שהסתיימו; איכות הדו"חות שהוגשו לא בוקרה; לא נקבעו סולמות הערכה לאיכות כל מחקר ולאיכות עבודתו של החוקר.
ח. יחידות של רפא"ל, העוסקות במו''פ עצמי, משנות לעתים יעדים, משאבים וכיווני עבודה ללא אישור מאת הגורם האחראי ברפא"ל.