בלשכת היועץ הכלכלי למערכת הביטחון וברפא"ל נבדקו סדרי ההתקשרות בין משרד הביטחון לבין רפא"ל, בשנות הכספים 1982 עד 1985.
במינהל למחקר פיתוח אמצעי לחימה ותשתית לייצור (מפא''ת), בלשכת היועץ הכלכלי למערכת הביטחון, ובהנהלת רפא"ל נבדקו סדרי התכנון והניהול של מחקר ופיתוח במימון עצמי של רפא"ל, בשנים 1982 עד 1985.
כמו כן נבדקו ברפא"ל שני היבטים של מהיימנות הדיווח למשרד הביטחון: רכש מערכת באמצעות רפא''ל עבור יחידה, ודיווחי תעסוקה של עובדים "ישירים'' מסוימים.