הביקורת בנושא בית מלאכה בחיל הים נערכה בפברואר- אפריל 1984 ופורסמה בדו"ח שנתי 35 של מבקר המדינה, עמ' 1097 . במסגרת בדיקת נושא זה, התייחס דו"ח מבקר המדינה להימצאותם של חומרי נפץ בכמות גדולה בבית מלאכה, ובמצבור של חיל הים, הנמצאים בסמוך לשכונות מגורים אזרחיות. מצב זה, מחייב הטלת הגבלות על הבנייה האזרחית בתחום רצועת ביטחון שרוחבה ניקבע על ידי מפקדת קצין חימוש ראשי. השכונות נבנו לפי תכניות מיתאר, שאושרו בועדה המחוזית לתכנון ובנייה ב-1976 וב-1980. הביקורת הקודמת העלתה, כי הדרישה של מטכ"ל/אג"מ למשרד הביטחון להטיל הגבלות לא הובאה לדיון בפני הועדה המחוזית על ידי נציג שר הביטחון בועדה, בטרם אושרה התכנית. בדו"ח גם מצוין, כי בפברואר 1984 תיאר ראש אגף התכנון במטה הכללי (להלן אג"ת) בפני הרמטכ"ל את בעיות הבטיחות הנובעות מהימצאות של שני המתקנים האמורים בקרבת שכונות מנורים אזרחיות. ראש אג"ת הציע להטיל מגבלות בנייה, תוך מתן פיצוי לתושבים, או להעתיק את המתקנים למקום אחר.
עוד העיר המבקר, כי שני המתקנים מהווים סיכון בטיחותי חמור לסביבתם האזרחית המתפתחת. מערכת הביטחון לא ניצלה במועד את זכותה להתנגד לאישור תכניות המיתאר, כדי שיוטלו מגבלות על הבנייה בשטחים הסמוכים למתקנים, ועליה לגבש ולהפעיל בהקדם פתרונות, שיצמצמו ככל האפשר את הסיכון לתושבים.
ביוני 1986 ערך משרד מבקר המדינה מעקב שהתייחס, כאמור לעיל, לטיפול שניתן לבעיות
הקשורות לסדרי הבטיחות של המתקנים.