אחזקת מסילות ושיקומן - רק מקצת מן העבודות שבתכנית אחזקת המסילות לשנת הכספים 1985 תוכננו במפורט; רוב העבודות נכללו רק במסגרת תחזוקה כללית. רבות מן העבודות, שתכוננו לפרטיהן בתכנית האחזקה שאושרה לשנת הכספים 1985, לא נכללו בתכניות החודשיות, וכלל לא בוצעו.
בדיקת הדיווח החודשי של המשרדים המחוזיים על ביצוע עבודות שתוכננו העלתה, שהיו עבודות שלא בוצעו כלל; עשרות עבודות אחרות לא בוצעו כל עיקר או רק בחלקן בחודש, שבו הן תוכננו לביצוע, כך שהרכבת לא עמדה בקביעותיה לביצוע עבודות בהיקף הנחוץ. נמצאו עשרות מקרים שהובלו מטענים בעומס הועלה ב-7-14 טונות על המותר, דבר שיש בו כדי לגרום נזקים לניד ולמסילה.
בשלוש מבין ארבע תחנות הופסקה השקילה של מדגמי קרונות, שנועדה לבדוק אם עומס המטענים על הקרונות אינו עולה על המותר. בתחנה הרביעית נעשית השקילה אחת לשבועיים בלבד. מכאן לא ניתן לבחון כנדרש, אם ובאיזו מידה קיים עומס יתר בהובלות.
כמה מן השימוטים (ירידה של קרונות וקטרים מן הפסים) והנזקים, שהיו כרוכים בהם, אירעו בשל מצב לא תקין של המסילה. מקצת מן השימוטים אירעו, היות ונהגי הקטרים לא הקפידו, בניגוד להוראות המפורשות של הרכבת, על נסיעה במהירות המותרת.
תאונות תפעוליות - הרכבת מעורבת לעתים בתאונות תפעוליות. הקלות יחסית נחקרות על ידי חוקר יחיד והקשות על ידי ועדה. משרד מבקר המדינה בדק את דרכי הטיפול של הרכבת וסדרי חקירת התאונות וההוראות שהוציאה בענייני בטיחות. בעשרות תאונות חלו איחורים בהעברת ידיעות על התאונות על ידי יחידות הרכבת ללשכת הפיקוד.
במקצת מהמקרים לא דיווח האגפים על אירועים (תאונות יותר קלות) ובשל כך לא עשתה הנהלת הרכבת מעקב אחר דרכי הטיפול באירועים אלה. במקרים רבים חקרה הוועדה את נהגי הקטרים, את עוזריהם ואת עובדי התפעול האחרים, שהיו מעורבים בתאונה, כעבור שבוע עד חודש ימים אחרי התאונה.
בדיקת סדרי החקירה של התאונות הקשות העלתה ליקויים הנוגעים להרכב ועדת החקירה שבפניו יקויים דיון; לאופן הזמנת הנחקרים; לרישום תשובותיהם; ולמועדי החקירה. בכמה מקרים הסתפקה הרכבת בעונשי אזהרה אף בעבירות שחזרו ונשנו בידי עובדים תוך תקופה קצרה. במקרים אחרים ניתנו עונשים קלים ממה שנקבע בסולם הקנסות.
ברבים מתיקי התאונות לא הסתיים הטיפול גם אחרי שעברו 14 עד 18 חודשים ממועד התאונה. במקרים רבים דרש החוקר מיחידות שונות של הרכבת פרטים, שהיו דרושים לו לחקירה, רק כעבור 16 עד 38 ימים מקרות התאונה. שיטת הטיפול בתאונות על ידי החוקר היחיד לא הבטיחה בקרה ופיקוח בידי הנהלת הרכבת על פעולותיו. בכמה המקרים, במחוזות הצפון והדרום, לא יצא החוקר היחיד לבדוק את התאונות במקום האירוע.
במקרים רבים של תאונות שאירעו במחוז הדרום, יצא למקום התאונה עובד אגף התנועה והמסחר, שלא תמיד פעל כנדרש. בסולם הקנסות, שהונהג עוד באמצע שנות השישים כאמצעי לטיפול בעבירות משמעת והמדורג לפי מידת חומרתן לא הוכנסו השיוניים המתחייבים מן התמורות שחלו במרוצת השנים בקשר להפעלת מתקנים חדשים ברכבת. עד 1986 לא הושלמה מערכת מידע ממוחשבת, שהוכנה עוד ב-1982 לשם ריכוז המידע המצטבר על התאונות, והפקת לקחים ממנו. ספר התקנות, המכיל את ההוראות הרכבת בענייני תפעול ובטיחות, לא וספק למקצת מעובדי התפעול, שהיו אמורים לקבלו.