מסירת עבודות תכנון ומחקר - בידי אגף תכנון וכלכלה לא היו נתונים מרוכזים על מחקרים שהזמין בעבר, ואף לא על מידת היישום של המחקרים. ביולי 1985 פרש מתפקידו הממונה על סקרים ומחקרים והמשרד לא מינה עובד אחר תחתיו. מאז ועד מאי 1986 חדלה מעבודתה הוועדה המקצועית הבוחנת את ההצעות השונות. בפני ועדת הסקרים ומחקרים מונחת, בדרך כלל, הצעה אחת בלבד לביצוע עבודה.
המלווים המקצועיים שמונו לוות את העבודות השונות אינם מדווחים באופן שוטף על התקדמותן. ועדת סקרים ומחקרים דנה פעמים רבות בנושאים שאינם בתחום תפקידיה, ואישרה העסקת יועצים ומומחים ביחידות שונות של המשרד. רק בסוף מאי 1985 החל המשרד לחתום על חוזים, גם כאלה שהוחל בביצועם באופן שוטף באפריל. בשנת הכספים 1986 לא הוחל בחתימה על הסכמים עד סוף יוני אותה שנה.
המשך קריאה בדוח המצורף.
ביצוע החוזה בין הממשלה לבין קואופרטיב דן - ההסכם בין הממשלה באמצעות משרד התחבורה (להלן- המשרד) לבין קואופרטיב דן (להלן- דן), להסדרת היחסים וההתחייבויות ביניהם נחתם בסוף אוקטובר 1986, לתקופה של עשר שנים, למפרע מפברואר 1981.
כבסיס להתחשבנות בין המשרד לבין דן משתמשים הדוחות הכספיים של דן לשנת הכספים 1979. על אף האמור בהסכם לא עודכן ב-1985 סל התשומות של דן, המודד את שיעור ההתייקרויות בהוצאות וקובע את שיעור עליית התעריפים או את סכום הסובסדיה שתשולם לו. המשרד לא פעל לתיקון מצב לאחר שדן העלה את שכר חבריו יותר ממה שנקבע בהסכם.
אין בידי המשרד נתונים מאושרים בידי רואה חשבון, שמהם אפשר לדעת אם דן אכן מקיים איזון כלכלי ואיזון תפעולי שוטף כנקבע בהסכם, מאחר שהדוחות הכספיים של דן, מאושרים בידי רואה החשבון שלו, מוגשים באיחור רב. עד דצמבר 1986 הוגשו רק המאזן והדו"חות הכספיים לשנת הכספים 1983. המשרד לא הקפיד שדן ימלא את חלקו בהסכם ולפיו על דן להפריד את הנהלת החשבונות של קווי השירות משאר פעילויותיו, כגון נסיעות מיוחדות.
אין בידי המשרד מערכת תמחיר, מערכת תקציב, תקציב פעולות שנתי ותקציב פיתוח והשקעות, של דן, אם כי על פי ההסכם על דן לנהל חשבונות מסוג זה. לא עלה בידי המשרד לקבל את דוחות הביקורת הפנימית של דן הנוגעים להסכם. אין המשרד יוזם בדיקות של מצבת החובות של דן והוא מסתפק בדיווחיו. המשרד לא פעל לכך שימונה צוות משותף, כנקבע בהסכם, לקביעת תקנים לרמת שירות הדרושה לציבור הנוסעים.
מינהל הספנות והנמלים - ענף הספנות בישראל כמו בעולם, נתון בשנים האחרונות בשפל. דבר זה חייב את חברות הספנות ואת ומינהל הספנות והנמלים להתאים את הפעילות למצב השורר בענף. מינהל הספנות והנמלים מופקד על הטיפול בענף הספנות, על הסמכת ימאים ועל הרישום והרישוי של כלי שיט.
עד סוף 1986 לא ישומו המלצות יחידת ארגון ושיטות שבמשרד מסוף 1984, בדבר מיכון הרישוי והרישום של כלי שיט קטנים ולא נשלחו לבעליהם טפסים לחידוש הרישוי. הוצאו תעודות רישום ל-660 ספינות בלבד מבין כ-4,500 כלי שיט קטנים הרשומים בפנקס, ולא עודכנו נתוניהם מאז יולי 1985. שייטים (משיטי כלי שיט קטנים) רבים שילמו באפריל 1986 את האגרה לחידוש רשיון השיט שלהם, אבל עד לסוף אותה שנה לא הוזן המחשב בנתונים על תשלום האגרה ולא ידוע מי חידש את רישיונו וכמה רישיונות חודשו.
פנקס המרשם הישראלי (שבו נרשמים כלי השיט) לא נוהל ברציפות והוא הוחלף בפנקס חדש בשנת 1982, באופן לא תמיד הועברו אליו כל הרישומים הדרושים מהפנקס הקודם. מפקחי המינהל, בניגוד לתקנות, אינם נוכחים בעת הטענות מכליות בחומרים מסוכנים בצובר. המינהל החל בהכנת נהלים בנושאים הקשורים לבדיקת אניות והטענת מטענים מסוכנים, אבל עד סוף 1986 לא הושלמו הנהלים.
אנשי צוות הבטיחות בספינות קטנות אינם, בדרך כלל, בעלי הכשרה כלשהי, ורישומם כצוות בטיחות פוטר אותם מתשלום מס נסיעות. בתעריפי האגרות שגובה מינהל הספנות והנמלים חלה שחיקה גדולה, במיוחד מאז יולי 1985 כשנקבעו הסדרים ליציבות המחירים במשק.