שירות בתי הסוהר ממונה על קיום הבטחון והסדר בבית הסוהר שבאחריותו. כדי להצליח במשימותיו עליו להיות ערוך מבחינה מודיעינית. בפקודות הקבע של שירות בתי הסוהר (שב"ס) אין הגדרת מעמדה ותפקידיה של מחלקת המודיעין.
מחלקת המודיעין לא הוציאה נהלים והנחיות במשך עשר שנות קיומה. ארכיון מחלקת המודיעין אינו מאורגן לפני נושאים ואין בו אינדקס כדי להקל על ההתמצאות. אין קשר תדרוך שיטתי בין בעלי תפקידים במטה לבין קציני המודיעין (הקמ"נים) בבתי הסוהר; עבודת הקמ"נים אינה מלווה חונכות שיטתית; ההיזון החוזר בין המטה ליחידות לקוי.
ענף בטחון שדה מתקשה לעמוד במשימותיו, אינו עובד לפי תכנית הנקבעת באופן תקופתי ולמעשה עוסק ב"כיבוי שרפות". במספר בתי סוהר אוחד התפקיד של הקמ"ן עם תפקיד קצין הבטחון. בשל ניגודי האינטרסים שבתפקידים אלה נפגעת בעיקר פונקציית הקמ"ן.
לא תמיד מונו לתפקידי קמ"נים האנשים המתאימים ביותר; לעתים מונו קצינים, שהיה צורך לפתור את בעיית שיבוצים. קמ"נים בלתי מתאימים או חסרי מוטיבציה פוגעים בטיב עבודת המודיעין. מעולם לא קיים שב"ס קורס קמ"נים. אין קשר סדיר וקבוע לתדרוך והסברה בין הקמ"ן לסוהרים האחרים בבית הסוהר. במחלקת המודיעין אין שיטה לפיקוח על שלמות כרטסת המודיעין.
כרטסת המודיעין של מחלקה מעודכנת בפיגור; עקב היותה שמית לא ניתן להפיק ממנה מידע נושאי לפי חתכים נדרשים. בכרטסות המודיעין בבית הסוהר נתגלו ליקויים רבים. בכמה בתי סוהר תויקו דו"חות מידע יחד עם המזכרים המזהים את מקורות המידע, דבר שהוא בניגוד לכללי הזהירות הבסיסים ועלול לסכן חיי אדם. לקמ"נים ברוב בתי הסוהר אין כספות. במקומות שיש כספות עם מנעול קומבינציה- לא תמיד הוקפד להחליף את המספרים עם החלפת בעלי תפקידים.