במשך שנים רבות הייתה שאיבת יתר בכמויות גדולות ממאגרי מי התהום. כתוצאה מכך חסרים כיום (אוקטובר 1986) במאגרים אלה מים בכמות כוללת של כ-2 מיליארד מטרים מעוקבים- כמות שווה לצריכה השנתית הכוללת של המדינה. בכך נוצל למעשה כל האוגר התפעולי של מאגר החוף ומאגר ההר, שהם מאגרי המים העיקריים במדינה.
הפקת המים ממאגרים נעשתה לפי ס"כ פוטנציאל המים במדינה, בלי להתחשב בעובדה, שחלק ממנו טרם התממש. פוטנציאל המים מוגדר כאותה כמות הניתנת להפקה, בממוצע רב שנתי, בלי לפגוע במקורות המים. הפוטנציאל כולל גם כמות מים משטפונות וממי ביוב מושבים אשר בחלקם אינם זמינים, בשלב זה, כי טרם הוקמו המתקנים לאגירתם או טיהורם וממילא אינם עומדים לרשות המערכת. כמות המים הזמינים מס"כ הפוטנציאל, אשר ניתן היה להקצות בלי לפגוע במאגרים, הייתה בכל אחת מ8 השנים האחרונות קטנה בכ-200-300 מיליון מ' מן הפוטנציאל (מטרים מעוקבים, להלן-מ').
הקצאת מים בכמות העולה על כמות המים הזמינים למעשה, היא אשר גרמה את שאיבת היתר ואת דלדול מקורות המים, ובמיוחד מאגר מי התהום של שפלת החוף, והרעת איכות המים בהם. מאגר מי התהום של שפלת החוף תופעל זה כ-20 שנה בצורה המסכנת את עתידו. במאגר זה, שהוא המאגר הרב-שנתי העיקרי במערכת המים הארצית, נוצר גדעון מצטבר של כ-1.3 מיליארד מ' מים. ניצול הרסני זה של המאגר יהיו לו, לדעת הביקורת, השלכות מרחיקותלכת על משק המים בעתיד.