בשנים האחרונות חל גידול ניכר, במונחים דולריים, ביתרת הגירעון הנצבר של קופת החולים, ובסוף שנת הכספים 1984 הוא הגיע ל-266 מיליון דולר. באותן השנים חל גם גידול ניכר, במונחים דולריים, ביתרות החוב של הקופה, והן הגיעו בסוף פברואר 1986 ל-525 מיליון דולר; כ-60% מכלל החוב היה לטווח קצר.
הוצאות המימון של הקופה גדלו בשנים האחרונות בקצב המהיר בהרבה מעליית הצדד. הגידול ביתרת הגירעון וביתרת החוב הכבידו על פעילות הקופה השוטפת והיה צורך בהתערבות של גורמים ממשלתיים לפתרון הבעיות.
היקף תמיכת הממשלה וההכנסות מהמס המקביל, כשיעור מהוצאות הקופה, ירדו מ-55%-58%, בשנות הכספים 1981-1983, ל-44.2% בשנת הכספים 1984.
דיווח הנהלת הקופה למוסדותיה העליונים בדבר ההלוואות שנטלה הקופה לא היה מפורט מספיק. החל בסוף 1985 נהגה הקופה בניגוד להיתר על פי יסודות התקציב בקשר להגבלות בקבלת אשראי בכך, שצברה רבית על הלוואות קיימות.
הדיווח הכספי של הקופה לא היה עדכני מספיק. דרוש, שהקופה תעשה, יחד עם גורמים אחרים, להגדלת הפרוגרסיבסיות של המס האחיד. עקב הצמצום בתקציב הפיתוח בשנת 1986, היו ההוצאות על תחזוקת אגף הבינוי ואחזקה גבוהות יחסית להיקף הפיתוח באותה שנה.
בשנת הכספים 1984 היתה, לפי נתוני הקופה, עלייה בהיקף כוח האדם. הקופה מסבירה זאת בגידול מספר מבוטחיה ובהזדקנות האוכלוסייה. מהתיעוד, שעמד לרשות משרד מבקר המדינה, לא היה אפשר לעמוד על אופן הכנת תזרימי המזומנים בקופה.