על פי סעיף 12 לחוק מבקר המדינה, חייב שר האוצר להמציא במועד שיקבע המבקר, אולם לא יאוחר משישה חודשים לאחר תום שנת הכספים (דהיינו עד 30 בספטמבר), דין וחשבון כולל על ההכנסות וההוצאות של המדינה באותה שנה (להלן - דו"ח האוצר). שר האוצר הגיש למבקר המדינה ב 7.9.89- את הדו"ח לשנת הכספים 1988 . משרד מבקר המדינה בדק את הדין וחשבון בעיקר ביחידות של משרד האוצר, וכן במשרד הביטחון וביחידת קמ"ט האוצר במינהל האזרחי באזור יהודה ושומרון. במשרדי הממשלה האחרים נעשו בדיקות מסורגות, ונסקרו דו"חות ההסבר שהמציאו המשרדים למשרד האוצר על חריגות מן ההרשאה להוצאה.
כן נבדקו השינויים שנעשו בסכומי ההרשאה בסעיפי התקציב על פי הוראות חוק יסודות התקציב, התשמ"ה 1985. ממצאים המתייחסים לתקציב המדינה בכללותו מובאים בפרק הזה. ממצאים הנוגעים לתקציביהם של משרד הביטחון ושל אזור יהודה ושומרון מובאים בפרקים המתאימים בדו"ח זה.