אסדרת העמותות העירוניות - הסדרת מעמדן של העמותות העירוניות במשרד הפנים טרם הושלמה בכ-30% מהעמותות שנבדקו.
רישום העמותות אצל רשם העמותות - במערכות המחשוב של רשם העמותות אין אפיון של העמותות העירוניות ואין מידע על מידת שליטת הרשויות המקומיות בעמותות.
הכנת תקנון מצוי - משרד הפנים ומשרד המשפטים לא הכינו תקנון מצוי לעמותות העירוניות שאותו יוכלו לאמץ ובכך לקצר את הליך אישור תקנוני העמותות.
פעילות ועדת המינויים - דפוסי עבודתו של משרד הפנים וסדרי העבודה בוועדת המינויים שלו אינם מותאמים לעידן הדיגיטלי. במועד הביקורת הצטברו במזכירות ועדת המינויים כ-600 בקשות של מועמדים לכהונה בוועד המנהל של תאגידים עירוניים שונים... המשך הליקוי בקובץ המצורף.
אישור נציגי הרשויות בוועדת המינויים - חלק מהרשויות המקומיות שנבדקו לא הגישו את פרטי נציגיהן בעמותות העירוניות לבדיקתה ולאישורה של ועדת המינויים.
חתימת הסכם בין הרשויות המקומיות לעמותות - שבע מהרשויות המקומיות שנבדקו לא חתמו עם העמותות שלהן על הסכמי התקשרות בנוגע לשירותים שעליהן לספק ולשימוש שיעשו בנכסים העירוניים לרבות המשמעות הכספית הנגזרת ממנו.
הטלת ארנונה על נכסים שבחזקתן של עמותות עירוניות - חלק מהרשויות המקומיות לא הטילו ארנונה על נכסים שמסרו לשימושן הבלעדי של עמותות עירוניות שאינן זכאיות לפטור לפי הדין מארנונה או שהעמותות שכרו מבעלים פרטיים.
שימוש בעמותות בניגוד למטרותיהן - שתים מהמועצות האזוריות שנבדקו משתמשות בעמותות כחברות להעסקת כוח אדם שלא על פי מטרותיהן.
פיקוח משרד הפנים - משרד הפנים לא הצליח לערוך בדיקות מעקב, ולא היה בידיו מידע המלמד אם העמותות תיקנו את הליקויים שהועלו בביקורות שערך המשרד.