הסדרת הפעילות באמצעות מתנ"סים סוכנותיים - משרד הפנים לא הסדיר את פעולתן של הרשויות המקומיות באמצעות מתנ"סים הנמצאים בבעלות הסוכנות היהודית, הוא אינו נוהג בהם כתאגידים עירוניים ולא מבצע עליהם מעקב ופיקוח.
הסדרת פעילות משרד הפנים למול החברה למתנ"סים - לא נקבעו נהלים להסדרת פעילות משרד הפנים למול החברה למתנ"סים. כך לדוגמה, לא נקבע הליך סדור שבמסגרתו החברה למתנ"סים מיידעת את משרד הפנים על התחלת התקשרות עם מתנ"ס או על הפסקת התקשרות קיימת.
הבטחת ביטחונם האישי של ילדים ובני נוער - מתנ"ס אור עקיבא, מתנ"ס קריית מלאכי, מתנ"ס גדרה ומתנ"ס יבנאל לא דרשו הצגת אישור בדבר היעדר עבירות מין מהעובדים המפעילים חוגים במתנ"ס ומועסקים בו באמצעות חברות וגורמים פרטיים.
הנגשת פעילות המתנ"ס לקהילה - מתנ"ס נוף הגליל, מתנ"ס קריית מלאכי ומתנ"ס יבנאל לא קבעו הסדרים למתן הנחות במימון ההשתתפות בפעילות המתנ"ס כדי לסייע לאוכלוסיות מוחלשות. למתנ"ס אור עקיבא ולמתנ"ס קריית מלאכי לא היה אתר מרשתת, ואף כי... המשך הליקוי בקובץ המצורף.
מינוי חברי הנהלות המתנ"סים - הרשויות המקומיות אור עקיבא, גדרה ויבנאל מינו את נציגיהן בהנהלת המתנ"ס בלי שקיבלו את אישור ועדת המינויים במשרד הפנים כנדרש, והרכב הנציגים לא תאם את ההרכב הקבוע בתקנות.
התקשרויות הרשויות המקומיות עם המתנ"סים שבתחומן - עיריות אור עקיבא ונוף הגליל לא חתמו על הסכמים עם המתנ"סים להסדרת פעילותם; המועצה המקומית יבנאל ערכה הסדרים חוזיים חלקיים בלבד; המועצה המקומית גדרה לא אכפה חלק מהוראות החוזה... המשך הליקוי בקובץ המצורף.
תקצוב המתנ"סים על ידי הרשויות המקומיות - הרשויות המקומיות שנבדקו העבירו כספים למתנ"סים שבתחומן, בין היתר, בדרך של מתן שווה כסף ובאמצעות העברת כספים דרך מנגנון השכר, שלא בהתאם לחוזר מנכ"ל משרד הפנים בנושא; המועצה המקומית כפר... המשך הליקוי בקובץ המצורף.