משבר אמון בין הנהלת משרד התיירות לחמ"ת: משבר זה נמשך יותר מארבע שנים, והוא משליך על הצדדים ועל פעילותם.
עיכוב מתמשך במינוי מנכ"ל לחמ"ת: חמ"ת פעלה ללא מנכ"ל קבוע במשך למעלה משנתיים, בעודה נדרשת לתקן ליקויים קשים שהוצפו בדוחות ביקורת משנים קודמות.
הארכת הסכם המסגרת בין משרד התיירות לחמ"ת: בסוף שנת 2018 ובאמצע שנת 2019 הוארך הסכם המסגרת שבין משרד התיירות לחמ"ת, בכל פעם למשך חצי שנה. הארכות אלו השפיעו על ניהולה הפנימי של חמ"ת (ובכלל זה על ניהול התקציב השנתי, גיבוש תוכנית המשך קריאה בקובץ המצורף.
עיכוב בתשלום של משרד התיירות לחמ"ת עבור הוצאות מינהלה ושכר: משרד התיירות, העורך בקרה חודשית של התשלומים, העביר לחמ"ת את הכספים המשמשים לתשלום משכורות לאחר המועד האחרון הקבוע בהסכם המסגרת בין הצדדים.
רכב חברה צמוד לעובדים: יותר ממחצית עובדי חמ"ת מקבלים מהחברה רכב צמוד. נוהל שימוש ברכב חברה צמוד של חמ"ת אינו כולל התייחסות לתפקידים ולדרגות שהחברה רשאית להצמיד להם רכב, אינו קובע את הקריטריונים לזכאות לרכב חברה ואינו קובע כללים המשך קריאה בקובץ המצורף.
הפרטת חפח"א: אף שוועדת השרים לענייני הפרטה החליטה בשנת 2010, לפני כעשר שנים, להפריט את חפח"א, אף שחמ"ת מנהלת את חפח"א כבר חמש שנים ואף שלחפח"א תחומי פעילות מצומצמים ומוגבלים ביותר, התהליך טרם הושלם. חפח"א עדיין פועלת באילת, המשך קריאה בקובץ המצורף.
הסדר ניגוד העניינים של סגן ראש העיר אילת ומחזיק תיק התיירות: סגן ראש העיר בתקופת הביקורת, הממלא את תפקידו בהתנדבות, ציין שהוא בנו של מ"מ מנכ"ל חפח"א, אולם ההסדר, כפי שגובש בלשכה המשפטית של העירייה, לא כלל התייחסות לקשר המשפחתי המשך קריאה בקובץ המצורף.