באתר המרשתת של המשרד יש דף המפרט את הפעילויות שבמימון האגף. אולם אין בפרסום זה הפניות לעמותות המפעילות אותן, מועדיהן, המיקום שלהן, עלויות למשתתף וכדומה.
מדידת יעדים - האגף קבע יעדי תפוקה כמותיים לפעילויותיו: כמות המשתתפים בפעילויות ורוחב הפריסה הגיאוגרפית של הפעילויות, ואולם הוא לא קבע מדדי תוצאה שיבחנו את איכות הפעילויות - את מידת ההשפעה של הפעילויות על המשתתפים ואם הושגה מטרת המשך קריאה בקובץ המצורף.
פרסום מכרזים פומביים - בשנת 2017 הפסיק האגף את ההתקשרויות באמצעות פטור ממכרז (במיזם משותף או בהתקשרות עם הסוכנות היהודית) לפי הוראות הדין ועבר להתקשרות באמצעות מכרז, כך שניתן עידוד נוסף לתחרות ולשוויון הזדמנויות; ואולם תמונת המצב המשך קריאה בקובץ המצורף.
התקשרויות עד 50,000 - בדיקת ההצעות שהתקבלו במסגרת הליך התיחור לא הייתה מיטבית: ב-16 מ-17 ההתקשרויות שנבדקו, מתוך שלוש הצעות המחיר שהתקבלו לכל התקשרות, רק אחת הייתה עד 50,000 ש"ח, ולכן נפסלו שתי ההצעות האחרות שהוגשו ונותרה הצעה המשך קריאה בקובץ המצורף.
תיאומים עם משרדים אחרים - אומנם האגף ביצע פעולות לתיאום מוקדם עם משרד החינוך, בנוגע להתקשרויותיו בתחומים שמשרד החינוך תומך בהם ומתקצב אותם, ואולם התיאום התייחס לבחינה כללית של נושאי הפעילות, ללא בחינה של פרטי הפעילויות המתוכננות המשך קריאה בקובץ המצורף.
כפל תשלום של האגף עבור פעילויות במימונו - בביקורת עלה כי האגף שילם סכום כולל של 28,000 ש"ח לשתי עמותות שונות עבור אותה פעילות שהתקיימה בחודשים יולי-אוגוסט 2018 באותו מקום ובאותה השעה. בתגובה על טיוטת דוח הביקורת דיווח מנהל האגף המשך קריאה בקובץ המצורף.
הסדר ניגוד עניינים - עם כניסתו של מנהל האגף לתפקידו בשנת 2014 לא גובש עבורו הסדר ניגוד עניינים אף שהדבר נדרש. במהלך הביקורת גובש ההסדר.