מועד אישור סיכום תקציבי - בכל אחת מהשנים 2016 - 2019 נחתם מסמך הסיכום התקציבי בדבר תוכנית העבודה השנתית המשותפת למשרד היישום ולמטה רק במהלך שנת עבודה ולא לפניה או בתחילתה. רק לאחר חתימה על מסמכי הסיכום יכול היה המטה להעביר המשך קריאה בקובץ המצורף.
חסמים לביצוע - בכ-35% מן הפעולות שהוגדרו לביצוע במיזם הלאומי בשנת 2018 היה חסם אחד או יותר שעיכב את ביצוען. החסם העיקרי במשרדי היישום היה אי-הקצאת זמן או אי-תיעדוף הפרויקטים על ידי המנהלים במשרדי היישום. החסם המרכזי במטה היה מחסור המשך קריאה בקובץ המצורף.
פעולת ועדת ההיגוי - בהחלטת הממשלה 1046 משנת 2013 שבה הוחלט על הקמת מיזם ישראל דיגיטלית נקבע כי תוקם ועדת היגוי למיזם. נמצא כי עד מועד סיום הביקורת - ספטמבר 2019 - התכנסה הוועדה שלוש פעמים בלבד. הוועדה לא בחנה ולא אישרה תוכניות המשך קריאה בקובץ המצורף.
צוות לנושא התאמות חקיקתיות - בשנת 2017 הקים משרד המשפטים צוות לשם התאמת התשתית החקיקתית לצורכי המיזם הלאומי - העידן הדיגיטלי. לתפקיד ראש הצוות מונה אחד המשנים ליועץ המשפטי לממשלה. הצוות החל את עבודתו באותה שנה אולם באמצע 2018 המשך קריאה בקובץ המצורף.
העבודה על גיבוש המדדים לבחינת השגת מטרות המיזם הלאומי - חל עיכוב בעבודה על גיבוש מדדים לבחינת השגת מטרות המיזם הלאומי; התקציבים למשימה אושרו ללמ"ס בעיכוב של שנה, ולפיכך ביצועה החל רק באמצע 2019.