מבחני המיצ"ב (מדדי יעילות וצמיחה בית ספרית), שמטרתם לספק מידע פדגוגי אובייקטיבי לצורך זיהוי בעיות וכשלים ולשיפור ההוראה בבתי הספר, מתקיימים רק בחלק קטן מבתי הספר החרדים ובאלו שהם מתקיימים הם מבוצעים במתכונת חלקית. בפועל, המשך קריאה בקובץ המצורף.
משרד החינוך לא קבע יעדים במבחני המיצ"ב למגזר החרדי והיעדים שהוא קבע למגזר החרדי בנוגע לזכאות לבגרות הם נמוכים לעומת יעדי הזכאות הכלל-ארציים.
רוב מוסדות החינוך החרדיים אינם מדווחים למשרד החינוך על מצבת עו"ה שלהם, ולכן למשרד אין נתונים מלאים על עו"ה במגזר החרדי, דבר הפוגע ביכולות הניהול והפיקוח שלו.
יש מחסור חמור במורים גברים חרדים למקצועות הליבה. במוסדות החינוך לבנים מלמדים גם מי שאין להם תעודת הוראה. מעט עו"ה חרדיים משתתפים בהשתלמויות שעורך משרד החינוך.
יש מחסור בספרי לימוד עדכניים מאושרים ומותאמים למגזר החרדי. בבתי ספר חרדיים משתמשים בספרי לימוד לא מאושרים, ולמשרד החינוך אין מידע מסודר בנושא.
לפי חוזר מנכ"ל משרד החינוך, היקף לימודי הליבה המלא שנקבע לבתי הספר החרדיים קטן מהמחויב ביתר זרמי החינוך. בדיקת שיעור לימודי הליבה שמבצע משרד החינוך אינה נוגעת לשעות הלימוד הנדרשות בכל מקצוע.
משרד החינוך אינו מפקח פיקוח מיטבי על מוסדות "הפטור", המתוקצבים בכ-250 מיליון ש"ח בשנה.
הפיקוח, הבקרה והאכיפה של משרד החינוך על הבעלויות ועל הדרך שבה הן מנצלות את התקציב הניתן להן מצומצמים ביותר. נמצאו מקרים שבהם בעלויות פגעו בשכר עובדיהן.