משרד הבריאות, קופות החולים ומערך האשפוז אינם ערוכים באופן מלא למקרה של התפרצות שפעת פנדמית, שבגינה עלולים לחלות כ-2,250,000 תושבים בישראל... המשך הליקוי בקובץ המצורף
משרד הבריאות לא קבע רשימת מחלות לגביהן נדרש להתוות הוראות להיערכות והוראות לפעולות שיש לנקוט בעת התפרצותן (תורת הפעלה), אלא קבע הוראות רק לכמה מחלות (שפעת פנדמית, אבולה, אנתרקס, אבעבועות שחורות).
המשרד לא קבע הנחיות בנוגע למלאי החיסונים הנדרש בעת התפרצות מחלות שונות (כמו לחצבת ולשפעת פנדמית) ואופן ההצטיידות בהם.
הגם שאחוז המתחסנים בקרב תלמידי בתי-הספר עמד בשנת הלימודים תשע“ט על 8.97% (עלייה מול שנה קודמת), ב-19% מכלל בתי הספר בארץ אחוז המתחסנים נמוך מ-95%. על פי ניתוח של משרד הבריאות לגבי החולים בחצבת בגילאי 19-2... המשך הליקוי בקובץ המצורף
במדגם תיקי חקירות אפידמיולוגיות שנבדקו בלשכת הבריאות בירושלים, לגבי התפרצות החצבת בשנת 2018, עלה שרק ב-57% מהמקרים החלו בחקירות תוך 48 שעות (לפי לוח הזמנים שקבע ארגון הבריאות העולמי). ככל שמתאחרת החקירה, כך מתאחר... המשך הליקוי בקובץ המצורף
שיתוף הפעולה בין משרדי ממשלה לרשויות אחרות, כמו רשות הטבע והגנים בטיפול במחלות המועברות מבעלי חיים אינו ממוסד, ואין גורם אחראי אחד שמרכז את הטיפול בהן.
פרטי התפרצות תחלואה בלישמניה (שושנת יריחו) אינם מדווחים באופן מלא - משרד הבריאות אינו מדווח למשרד להגנת הסביבה פרטים אודות מיקומה המדויק של התפרצות המחלה וצה“ל אינו מדווח למשרד הבריאות על רוב מקרי ההידבקות של חיילים במחלה זו.
ניטור יתושים בעלי פוטנציאל לנשאות של נגיפים על ידי המשרד להגנת הסביבה מבוצע באופן חלקי בלבד.
משרד הבריאות ומשרד האוצר לא קבעו מנגנון מוסכם לעדכון תקציב סל שירותי בריאות הציבור שבאחריות משרד הבריאות, לרבות רפואה מונעת, שמספקות לשכות הבריאות ותחנות טיפת חלב.