התמשכות הליכים סטטוטוריים לקידום מסופים להובלת מטענים ברכבת - ההליכים נמשכים בין חמש לתשע שנים, במוסדות התכנון, במינהל התכנון שבמשרד האוצר, במשרדי התחבורה והגנת הסביבה, בחברת הרכבת וברשויות המקומיות שבתחומן מתוכננת הקמת המסופים... המשך הליקוי בקובץ המצורף
חוסר יעילות בהובלת מטענים ברכבת בשל מחסור בתשתיות - אי-פיתוח תשתיות (המסילה המזרחית, מסופים ושלוחות) על ידי מוסדות התכנון, משרדי התחבורה והאוצר וזמינות מוגבלת של מסילות הרכבת להובלת מטענים גורמים לחוסר יעילות בניצול הציוד הנייד.
העיכובים בקידום פרויקטים לפיתוח תשתיות להובלת מטענים ברכבת הביאו לאי-ניצול תקציבים שתוקצבו למטרה זו. אף שתקציב ההרשאה להתחייב עמד בשנים מסוימות על עשרות ומאות מיליוני ש״ח בשנה וביצועו התממש בכל שנה, ביצוע מזומן הסתכם ברוב השנים במיליוני ש״ח בודדים.
יעילות הובלת המטענים באמצעות הרכבת פחתה בשנים האחרונות - בשנים 2017 ו-2018 פחתה התפוקה הממוצעת לעובד וגדלה עלות הובלת המטענים ליחידת תפוקה.
פעילות המטענים הייתה הפסדית בשנים 2017 - 2018 ובמחצית הראשונה של 2019 ותרמה להפסדי חברת הרכבת שגדלו ב-2018. ההפסד המצטבר בשנים אלה היה כ-114.1 מיליון ש״ח. חברת הבת למטענים איבדה את איתנותה הפיננסית, ובפברואר 2019 החליט... המשך הליקוי בקובץ המצורף
ליקויים בהקמת חברת הבת למטענים - הקמת חברת הבת לא לוותה בתוכניות פיתוח משלימות. פעולות משרדי התחבורה והאוצר איפשרו קידום הליכים להקמת החברה, אולם המגבלות שנקבעו בהסכמים הגבילו את יכולת הפעילות שלה ועיקרו את התועלת שבהקמתה ואת היכולת להפריטה.
גידול במספר אירועי הבטיחות יחסית לתנועת המטענים ברכבת - מכ-26 אירועי בטיחות למיליארד טונה-ק״מ ב-2014 לכ-31 אירועים למיליארד טונה-ק״מ ב-2018. בשנת 2015 נרשם שיא של כ-43 אירועים למיליארד טונה-ק״מ, ובשנים 2016 - 2018 חלה התייצבות סביב 30 אירועים.