מעמדו של השמ״ט ותחומי סמכותו - ענף המטאורולוגיה פועל ללא הסדרה חוקית כוללת שמגדירה מיהו הגורם הממלכתי האחראי לתחום, מה הם השירותים שעליו לספק ואילו מהם ניתן לפתוח לתחרות, ומיהו בעל הסמכות שעליו מוטלת האחריות לפרסם... המשך הליקוי בקובץ המצורף
בשנת 2017 פעל השמ״ט עם רשות התעופה האזרחית למיפוי הפערים בין הוראות נספח 3 לאמנת שיקגו לבין הדין הישראלי, והועלה כי 112 תקנים והמלצות אינם מוסדרים בחוק הישראלי. עד מועד סיום הביקורת טרם קודמו הליכי חקיקה לסגירת פערים אלה.
רשת תחנות מדידה - פריסת התחנות, חלקן מתקופת המנדט, צמחה ללא תכנון וללא ראייה כוללת של הצרכים. בד בבד הקימו גופים ממשלתיים וציבוריים תחנות מטאורולוגיות לצרכים שלהם, לעיתים בסמיכות לתחנות השמ״ט. תחנות השמ״ט נמצאות ברובן על שטחים... המשך הליקוי בקובץ המצורף
מכ״ם עננים משמש למתן התרעה מוקדמת על ממטרי גשם חזקים ועל תופעות חריגות אחרות ומאפשר היערכות מקומית לפגעי מזג האוויר הצפויים להתרחש. לפעילותו התקינה של המכ״ם חשיבות רבה במתן מידע לענף התעופה, בין היתר למניעת סכנות ונזקים למטוסים... המשך הליקוי בקובץ המצורף
הליכי רכש והתקשרויות בשמ״ט מקודמים בלי שנעשית הערכה כספית של עלות הרכש. הועלו מקרים שבהם נמנע השמ״ט מלפרסם מכרז והתקשר עם נותני שירותים גם כאשר סכום הרכישה היה גבוה מ-50,000 ש״ח והיה חייב במכרז.