בתקופה ממארס עד יוני 1988 בדק משרד מבקר המדינה את סדרי דחיית גיוסם של תלמידי ישיבות בגדר של מיועדים לשירות ביטחון. ממצאי הביקורת פורסמו בדוח שנתי 39, עמ' 903, ולהלן עיקריהם: הועלו ליקויים בפיקוח של מינהל הגיוס על קיום ההסדר לדחיית גיוסם של תלמידי הישיבות: מינהל הגיוס לא קבע אמות מידה לבחירת הישיבות לעריכת ביקורת מדי שנה בשנה; התייצבותם של תלמידי הישיבות לחידוש דחיית הגיוס במועד שנקבע לכך, לא נאכפה במידה מספקת; המידע על מעבר של תלמידים בין ישיבות לא היה שלם.
הוועדה לענייני ביקורת המדינה של הכנסת דנה בפרק זה של הדוח, ובאפריל 1991 התקבלו סיכומיה והצעותיה, כלהלן:
(א) הוועדה רואה בחומרה את הליקויים שהתגלו בפיקוח של מינהל הגיוס על קיום ההסדר לדחיית גיוסם של תלמידי ישיבות.
(ב) הוועדה התרשמה, כי אי-ההקפדה על ביצוע כל התנאים לדחיית הגיוס של תלמידי ישיבות והעדר אכיפה מספקת, מבטאים יחס של סלחנות, המושפע מן העובדה, שצה"ל השלים עם אי-גיוסם של בני הישיבות, ולמעשה ויתר על שירותם.
(ג) הוועדה סבורה, כי לנוכח צורכי הביטחון הקיומיים של מדינת ישראל ולנוכח הנטל הכבד שבו נושאים אזרחי המדינה בתחום השירות הצבאי, אין הצדקה למצב שבו עשרות אלפי אזרחים יקבלו דחייה ממושכת, שמשמעותה המעשית, ברוב המקרים, הוא פטור משירות ביטחון.
(ד) הוועדה מביעה את חששה, כי הימנעות המערכת הפוליטית מלהידרש לסוגיה זו, בניסיון לשנות את המצב הקיים, תביא בעתיד לתגובות חמורות בציבור, ואף לתופעות של סרבנות, במיוחד נוכח הגידול הרב הצפוי בשנים הבאות במספר תלמידי הישיבות שיגיעו לגיל גיוס.
(ה) הוועדה מוצאת לנכון לשוב ולאזכר בהקשר זה את הערות בית הדין הגבוה לצדק בבג"ץ 910/86, שיש צורך בבחינה חדשה ונוספת של הנושא, על רקע צורכי הביטחון המשתנים; וכי בעתיד יגיעו ממדי הדחיות לכדי שיקול רציני באשר לסבירות גישתו של שר הביטחון, עד כדי הצדקה להתערבותו של בית המשפט. הנשיא שמגר אף הדגיש, כי מן הבחינה העניינית, ההסדר הקיים הוא בלתי מניח את הדעת, וקשה להשלים עמו, וכי פטור של אלפי צעירים משירות צבאי איננו נושא שיכול לרדת מסדר היום; אין בקביעה על תוקפו המשפטי של ההסדר כדי לפטור את הרשות המבצעת מן החובה להוסיף ולבחון מעת לעת את המשמעות של הענקת פטור למספרים הולכים וגדלים של יוצאי צבא.
(ו) הוועדה עיינה במסקנות שהגישה בעניין זה ועדת משנה של ועדת חוץ וביטחון, בראשות ח"כ לשעבר הרב מנחם הכהן, וסברה, כי יש במסקנות אלו כדי לשמש בסיס לפתרון הסוגיה בדרך של שילוב בני הישיבות בצה"ל.
(ז) הוועדה רשמה לפניה את הערת הסיום של מבקר המדינה בנושא זה: "לדעת הביקורת, מן הראוי, שבחינה מחודשת של הנושא אכן תיערך, וכי הנושא יידון בכנסת, מתוך הכרה בחשיבותו הציבורית הרבה".
ביום 25.3.97 חזרה ועדת הכנסת לענייני ביקורת המדינה ודנה בפרק האמור. בעקבות דיון זה, לפי בקשת הוועדה, החליטה מבקר המדינה לערוך בדיקת מעקב, ובמסגרתה לבדוק גם כמה מבין נושאים שהועלו בדיון החוזר, כאמור.
מיולי עד נובמבר 1997 ערך משרד מבקר המדינה מעקב בנושא, שנועד לבחון את התקדמות הטיפול בממצאים שעלו בביקורת הקודמת, וכמו כן לבחון כמה מבין נושאים נוספים שהועלו בדיון האמור. המעקב נערך בצה"ל: באגף כוח אדם (להלן - אכ"א), ובמפקדת הפרקליט הצבאי הראשי (להלן - מפצ"ר); במשרד הביטחון (להלן - משהב"ט); וב"ועד הישיבות בארץ ישראל". בדיקות השלמה נערכו בכנסת ובמשרד לענייני דתות.
דוח זה אינו עוסק בתלמידי "ישיבות ההסדר" (ישיבות תיכוניות שבהן משולבים לימודים בשירות צבאי).
הנתונים המלאים מובאים בקובץ המצורף מעלה