על פי חוק בנק ישראל , התשי"ד-1954, והחלטת ממשלה מ-1969, שכרו של נגיד בנק ישראל (להלן - הבנק) וזכאותו לשירותים ולתוספות לשכר שווים לאלה של שר. בדיקה שעשה משרד מבקר המדינה בבנק העלתה, כי במהלך כהונתו של פרופ' פרנקל קבע עמו הבנק הסדרים בכמה נושאים, שלפיהם הוחלו עליו במקצת הנושאים ההוראות החלות על עובדי הבנק, שמקנות תנאים טובים יותר מאלה החלות על שרים. אחד הנימוקים העיקריים שניתנו להסדרים אלה היה שקיים מצב בו שכר הנגיד קטן משכרם של עובדים בכירים בבנק. עלותם של הסדרים אלה מסתכמת במאות אלפי ש"ח; כמו כן התקיימו דיונים רבים בעניין קביעת הסדר מיוחד לצבירת זכויות אקדמיות לנגיד, שהתשלום בגינן טרם מומש.
1. בתום כהונתו של פרופ' פרנקל, ינואר 2000, שולם לו פדיון ימי מחלה בסך של כ-100,000 ש"ח (נטו), אף כי בחוק הגמלאות לנושאי משרה ברשויות השלטון, התשכ"ט-1969, לא נאמר דבר על זכאות לפיצוי על חופשת מחלה שלא נוצלה. ואכן שרים אינם מקבלים פדיון ימי מחלה בעת שהם חדלים לשמש בתפקידם. את ההחלטה בעניין זה, שהיתה גם מנוגדת לתקדימים שנוצרו לגבי נגידים קודמים, קיבל מנהל בכיר בבנק שהיה כפוף לפרופ' פרנקל.
2. בשנים 1991-1998 עשה הבנק את ההתחשבנות עם פרופ' פרנקל בעניין החזר הוצאות אש"ל בחו"ל, בהתאם לכללים החלים על שרים. בסוף 1998 הורה המנהל הבכיר לחשב מחדש את החזרי ההוצאות, רטרואקטיבית מיום כניסת פרופ' פרנקל לתפקיד הנגיד, על פי הנהלים החלים על חברי הנהלת הבנק. כתוצאה מהחישוב החדש שעשה הבנק שולמו לפרופ' פרנקל הפרשים בסך כ-20,000 דולר עבור 623 ימי שהייה בחו"ל בשבע השנים האמורות. במסגרת ההתחשבנות הרטרואקטיבית לא בדק הבנק את הדיווחים שהיו בידיו על הוצאות אירוח ששילם פרופ' פרנקל בשהותו בחו"ל, באמצעות כרטיסי אשראי שהעמיד הבנק לרשותו.
3. באמצע שנת 1998 עשה הבנק התחשבנות בקשר לפדיון ימי חופשה שלא נוצלו בקדנציה הראשונה של פרופ' פרנקל (1991-1996); בחישוב נוכו מיתרת ימי החופשה 25 ימים, כנדרש בהוראות החלות על שרים. באפריל 1999 הורה המנהל הבכיר לבטל את ניכוי הימים כאמור בנימוק שנבצר מהנגיד לצאת לחופשה מאחר שלא מונה לו משנה; בגין פדיון 25 ימי החופשה שולם לפרופ' פרנקל סכום של כ- 30,000 ש"ח.
4. במהלך שנות כהונתו של פרופ' פרנקל כנגיד התקיימו בבנק דיונים רבים כדי להסדיר לו צבירה של זכויות אקדמיות (קרן לקשרי מדע בין-לאומיים וזכויות שבתון). הבסיס לדיונים אלה היה שיחות שהתקיימו עם פרופ' פרנקל טרם מינויו, שבהם נאמר לו כי בנושא זה ינהגו עמו כפי שנהגו כלפי הנגיד שקדם לו. למרות ההיקף הכספי הגדול של עלות ההסדר לא פורטו בכתב התנאים שהובטחו לו; במסמך של האוניברסיטה מ-1997 הוערכה עלות ההסדר בכ-21,000 דולר לשנה.
משהתברר לבנק כי לא ניתן להפעיל את ההסדר במסגרת האוניברסיטה שבה כיהן פרופ' פרנקל בעת ובעונה אחת עם כהונתו כנגיד, סוכם באופן חריג כי הבנק יקים למטרה זו קרן פנימית בנאמנות. לאחר פרישתו של פרופ' פרנקל, הועלה נושא זה לדיון אצל הנגיד החדש; עקב התנגדות היועץ המשפטי של הבנק, טרם הוכרעו חילוקי הדעות בנושא זה.
5. לדעת משרד מבקר המדינה הדרך הראויה לשנות את המצב בו שכר הנגיד קטן משכרם של עובדים בכירים בבנק, איננה באמצעות החלטות של הכפופים לנגיד, אלא בפנייה רשמית לממשלה לשנות את החלטתה בדבר השוואת שכר הנגיד לשכרו של שר.