על פי הגדרת הוראות משרד הביטחון, רכב רפואי הינו כלי רכב המוקצב לנכה הזכאי לכך בהתאם להוראות המשרד. היחידה לשירותים רפואיים באגף השיקום שבמשרד הביטחון (להלן - היחידה הרפואית) אחראית למתן זכאות לרכב רפואי לנכי צה"ל. בשנת 2000 היו בשירות הנכים כ-7,500 כלי רכב רפואיים. הוצאות המשרד בשנת 2000 על רכב רפואי הסתכמו בכ-289 מיליון ש"ח. משרד הביטחון רוכש בממוצע בכל שנה כ-100 כלי רכב רפואיים הנשארים בבעלות המדינה, ומסייע ברכישתם של כ-2,000 כלי רכב רפואיים בבעלות הנכים.
אגף השיקום לא עדכן את ההוראה בנושא הרכב רפואי משנת 1989, ובפועל ניתנו לנכים במשך השנים זכאויות שונות לרכב רפואי אשר לא נכללו בהוראה; בחודשים ינואר 1998 - אוקטובר 2001 מונו למשרת האחראי לנושא הרכב הרפואי שלושה עובדים - אחד שלא ניתן היה למנותו לתפקיד בקביעות, ושניים שלא התאימו לכך מסיבות שונות - למרות שבעל התפקיד מטפל בתקציב שנתי של כ-300 מיליון ש"ח בשנה; נמצאו 286 מקרים, שהאגף אישר זכאות לרכב רפואי לנכים שלא היו זכאים לכך בהתאם להוראה; אגף השיקום התבסס בקביעת מחיר הרכב על מחירון, שהתעריפים בו נמוכים מתעריפי המחירון הקבוע בהוראה.
משך תקופה ארוכה, עד אוגוסט 2001, נמצאו ליקויים בהתקשרות אגף השיקום עם שמאים; נמצאו מקרים, שהשמאים העריכו כלי רכב של נכים ללא הפניה בכתב מהיחידה הרפואית, כנדרש בהוראה.
ועדת החריגים לרכב רפואי פעלה בשונה מהקבוע בהוראה בכל הקשור למבנה הוועדה ולסמכויותיה. בעשרות מקרים העניקה ועדת החריגים לנכים זכאות לרכישת מכוניות בעלות נפח מנוע גדול מזה שהיו זכאים לו לפי אחוז נכותם, על פי הנהלים.
שילובו של אגף המכס בחישוב תשלומי המס בגין רכב רפואי בעת החלפת הרכב לנכים גוזל משאבי כוח אדם מאגף השיקום ומאגף המכס, מטריח את הנכה ומסרבל את התהליך. נמצאו פערים בשיעור המס שהחזירו נכים שונים עבור אותם כלי רכב, שבאו לידי ביטוי באלפי ש"ח.
אגף השיקום שילם דמי ביטוח שנתיים למספר נכים שלא היה ברשותם רכב רפואי.
אשר לכלי הרכב שבבעלות המדינה נמצא, כי אגף השיקום לא קיים פיקוח ובקרה על סוגי המכלולים המותקנים בהם, שמחירם נאמד בחלק מהמקרים במאות אלפי ש"ח. יתר על כן, כלי רכב בבעלות המדינה, שכבר אינם בשימוש הנכים שעבורם הם נקנו ומוחזקים במאגר עד מכירתם, ניתנו לנכים שאינם זכאים לכך לפרקי זמן ארוכים, עד שנתיים. כל האישורים להקצאת כלי הרכב לנכים ניתנו למנהל המאגר טלפונית בלבד. אגף השיקום לא דרש מנכים אלה את כספי הביטוח שהוא שילם להם עבור רכבם הרפואי בעד התקופה שבה ניתן להם רכב של המדינה.