החל מסוף שנת 1995 ניהלה המועצה המקומית זיכרון יעקב (להלן - המועצה) משא ומתן עם חברה יזמית לבנייה (להלן - היזם) לרכישת הזכויות במבנה ובחלקת הקרקע הצמודה אליו, המהווים חלק ממגרש היזם (להלן - מבנה המועצה) לשימוש אחת ממחלקותיה. מבנה המועצה, שעל פי תכנית המתאר הקיימת מיועד להריסה, מצוי במגרש שכלל מבנה נוסף שהיזם תכנן להרחיבו (להלן - מבנה היזם) ושחלקו מצוי, על פי תכנית מפורטת, על דרך ציבורית. עסקת המקרקעין בין המועצה ליזם, שנחתמה במארס 1998 (להלן - ההסכם), נעשתה כך שבתמורה להעברת הזכויות במבנה המועצה למועצה, תשלם המועצה ליזם סך של 20,000 דולר, וכן תישא בתשלום עבור האגרות וההיטלים החלים על מבנה היזם.
על פי חוק התכנון והבנייה, התשכ"ה-1965 (להלן - חוק התכנון), רשאית ועדה מקומית לתכנון ולבנייה לתת היתר בנייה, רק על סמך תכנית מאושרת. מאחר שמבנה היזם היה מצוי על פי התכנית המפורטת על דרך ציבורית, לא ניתן היה לתת היתר בנייה להרחבתו, אלא רק בדרך של שינוי תכנית המתאר באישור הוועדה המחוזית לתכנון ולבנייה.
הועלה, שאף שעל פי תכנית מפורטת קיימת, מבנה היזם מצוי בדרך ציבורית ומסווג כמיועד להריסה, ותכנית מתאר חדשה טרם הופקדה, נתנה הוועדה המקומית לתכנון ובנייה -השומרון (להלן - הוועדה המרחבית), היתר בנייה ליזם על פי תכנית המתאר הקיימת וזאת תוך חריגה מסמכות.
על פי ההסכם, אמור היה היזם לשפץ את מבנה המועצה טרם מסירתו. שיפוץ מבנה המועצה חייב הוצאת היתר בנייה על פי חוק התכנון ותקנון התכנית המפורטת החלה על האזור, זאת מאחר שהשיפוץ כלל שינויים חיצוניים. הועלה, כי למרות זאת, המועצה לא חייבה את היזם בהוצאת היתר כמתחייב, והוועדה המרחבית, אף שמחובתה היה להתריע על כך במסגרת הפיקוח על הבנייה - התעלמה מכך.
עסקת מקרקעין מחייבת בחינת כדאיות כלכלית תוך בדיקת חלופות אפשריות, תשואות חלופיות, הערכת שמאי ונתונים כלכליים נוספים. נמצא, כי המועצה לא בחנה את הכדאיות הכלכלית של העיסקה, והחלטותיה התקבלו על סמך הערכת שמאי, שבה נבדק רק אם קיים איזון בין האגרות וההיטלים שהיו אמורים להתקבל מהיזם לבין שווי המבנה. בדיעבד נמצא גם, שלא נעשה במבנה שימוש על פי ייעודו המקורי - לאחת ממחלקות המועצה, אלא הושכר לחברה הכלכלית.
המועצה גם לא דאגה לתקצב את העיסקה כמתחייב מצו המועצות המקומיות (א), התשי"א-1950, וכן לא דאגה לרישום מלוא העיסקה בספריה, כמתחייב.
עסקת מקרקעין טעונה רישום בפנקס המקרקעין, ואם לא נגמרה ברישום, רואים אותה כהתחייבות לעשות עיסקה. המועצה לא דאגה לקבל ביטחונות שיאפשרו לה לממש את הרישום.
על פי חוק התכנון, בעסקת מקרקעין נגבה לעתים היטל השבחה הנובע בעיקר מעליית שווי המקרקעין עקב אישור תכנית, מתן הקלה או התרת שימוש חורג. היטל זה נגבה על ידי הוועדה המרחבית בלבד ומועבר למועצה כנגד תקציב בלתי רגיל (תב"ר) מאושר. הועלה, כי המועצה קיזזה את היטל ההשבחה מהתשלום שהיה עליה לשלם ליזם, בניגוד לחוק התכנון, שלפיו הוועדה המרחבית היא המוסמכת לקבוע ולגבות את היטל ההשבחה.
על פי תקנות התכנון והבנייה (התקנת מקומות חנייה), התשמ"ג-1983, והפסיקה, רשאית הוועדה המרחבית לפטור מן החובה להתקין מקומות חנייה על פי התקן, כנגד תשלום היטל (להלן - כופר חנייה) המיועד להקמת חניון ציבורי במקום אחר, וזאת בתנאי שנמצאת בידי המועצה קרן ייעודית לכך (להלן - קרן חנייה). הועלה, כי במסגרת העיסקה גבתה המועצה את כופר החנייה בדרך של קיזוז, וזאת מבלי שהיא ניהלה כלל קרן חנייה.
על פי חוק מס ערך מוסף, חייבת עיסקה בטובין בתשלום מס ערך מוסף (מע"מ) בשיעור שנקבע בחוק על מלוא העיסקה. היזם המציא למועצה, לפי בקשתה, חשבוניות רק על כ-20% מערך העיסקה, והיא לא ביקשה ממנו שימציא לה חשבוניות שישקפו את מלוא ערך העיסקה.
העיקרון בדבר האיסור להימצא בניגוד עניינים, קובע, כי מי שפועל למען אינטרס של אחר, חייב להימנע מניגוד עניינים בין אותו אינטרס שלו עצמו ואינטרס אחר כלשהו. הועלה, כי היועץ המשפטי של הוועדה המרחבית משמש גם כיועץ משפטי למועצה, ונטל חלק בעריכת ההסכם עם היזם כאשר במקביל נדרש לייעץ לוועדה המרחבית בעניין מתן היתר הבנייה לאותו יזם, ומתוך כך נוצר חשש לקיומו של ניגוד עניינים. גם האדריכל שהכין עבור הוועדה המרחבית את תכנית המתאר החדשה, החלה גם על מגרש היזם, ייצג את היזם בבקשתו למתן היתר הבנייה במגרש, ובשל כך נוצר חשש לקיומו של ניגוד עניינים.