לצורך ביצוע תכנית רב-שנתית להקמת קריות ממשלה ובתי משפט בכמה ערים בארץ הוקמה בשנת 1993 מינהלה, שבראשה עומד סגן בכיר של החשב הכללי (להלן - סגן החשכ"ל) והיא מורכבת משלוש חברות ייעוץ וניהול פרטיות (להלן - מינהלת הקריות). במסגרת פעילות מינהלת הקריות, שאמורה להימשך עד 2003, הוקמו בניינים ששטחם הכולל כ-450,000 מ"ר בעלות כוללת של יותר מ-700 מיליון דולר. התכנית ביטאה תפיסה חדשה, שעיקרה הפרטת הטיפול בהקמת הבניינים ובתפעולם, וכן תפיסה חדשה בתכנון הבניינים.
החלטת שר האוצר דאז, מר אברהם (בייגה) שוחט, לאשר את התכנית לבניית קריות ממשלה, התקבלה בהמשך להחלטה של ועדת השרים לענייני תיאום ומינהל מ-1992 להקים קריות ממשלה במחוזות, שבהן ירוכזו משרדים ממשלתיים מחוזיים. בפועל כללה התכנית גם הקמתם של בתי משפט וכן של קריות ממשלה בירושלים ובתל אביב, שבהן ירוכזו המשרדים הראשיים. על אף ההיקף הגדול של הפרויקטים שתוכננו במסגרת זו, המספר הגדול של משרדי הממשלה שהתכנית נוגעת אליהם והתפיסה החדשה שעמדה בבסיס התכנית, לא הובאו ההיבטים הכוללים של התכנית לדיון בממשלה ולא הוגשה לה הצעה להחלטה בנושא. יתר על כן, ועדת היגוי בין-משרדית שמינה שר האוצר דאז בשנת 1993, אשר דנה בנושאים עקרוניים הקשורים בהקמת קריות הממשלה, חדלה להתכנס בסוף 1995, אף כי נותרו נושאים עקרוניים לא מעטים שבהם נדרשו החלטות ותיאומים בין כמה יחידות ממשלתיות.
באמצע 1994 החליט שר האוצר דאז, בין היתר, כי במסגרת התכנית האמורה השטח המוקצה בבניין לעובד יוגדל ב-25% לעומת המצב שהיה קיים באותו מועד. על אף המשמעות הכספית הגדולה של החלטה זו לא נמצא שהוכן נייר עמדה המפרט את עלות ביצועה ואת הצורך בהגדלת השטח; הנושא גם לא נדון ביסודיות בשיתוף עם אגף התקציבים במשרד האוצר ועם נציבות שירות המדינה. זאת ועוד, החלטת ממשלה מספטמבר 1999 לצמצם את השטח המתוכנן לעובד בשלושה מ"ר, לא יושמה.
הביקורת העלתה כמה ליקויים בהליכי הבחירה של החברות המרכיבות את מינהלת הקריות ובהליכי ההתקשרות עמן, להלן עיקריהם:
1. ועדה מיוחדת שמינה החשכ"ל בשנת 1993 בחרה בחברה א' לתפעול מינהלת הקריות ובחברה ב' ל"מנהל אזורי" של מקצת הפרויקטים (לא כולל ניהול הקריות בירושלים ובתל אביב), אולם בהסכם הראשון עם חברה ב' לא צוין אילו פרויקטים היא תנהל, ובפועל היא נתנה שירותי ייעוץ וניהול לכל הפרויקטים שמינהלת הקריות מבצעת. חצי שנה לאחר שהממשלה חתמה על חוזה ההתקשרות עם חברות א' וב' הפיץ סגן החשכ"ל בין חברי הוועדה המיוחדת סיכום דיון מתוקן של ישיבת הוועדה, שבו לא הוגבלה פעילותה של חברה ב' לפרויקטים מסוימים.
2. לפי הנחיות משרד האוצר שהיו בתוקף בשנת 1993, מחיר השירותים שנתנו חברות מינהלת הקריות היה אמור לכלול הנחה של 20% מהתעריף לעבודת יועצים, עקב תקופת ההתקשרות הארוכה והיקפה הכספי הגדול. למרות זאת אישר סגן החשכ"ל, שמכהן גם כיו"ר מינהלת הקריות, כי העבודות שמבצעות חברות מינהלת הקריות יוגדרו "עבודות אקראיות". עקב כך שולם בשנים 1993-1998 לשישה מנהלים בשתי החברות שכר לפי התעריף הגבוה ביותר שנכלל במחירון בלא הנחה; ליתר העובדים שולם שכר לפי התעריף בהנחה של 5% בלבד. התשלומים העודפים ששולמו לחברות מינהלת הקריות עקב אי-אימוץ ההנחיות האמורות הגיעו לכ-7 מיליון ש"ח (במחירי 2001).
3. במארס 1998 אישר החשכ"ל להאריך בלא מכרז את ההתקשרות עם חברות מינהלת הקריות לחמש שנים נוספות וציין, כי היקף ההתקשרות השנתי עמן הוא 5 מיליון ש"ח. בפועל הגיעה עלות ההתקשרות בכל אחת מהשנים 1998-2000 לכ-12 מיליון ש"ח. סגן החשכ"ל לא דיווח לחשכ"ל על העלות הגבוהה של ההתקשרות בהשוואה לסכום שאושר.
לחברות מינהלת הקריות ניתנו סמכויות רבות, אולם בנספח להסכמים שנחתמו עמן פורטו כלל התחומים הקשורים לתפקידי שתי החברות ולא הוגדר באילו תחומים בדיוק תטפל כל אחת מהן. כמו כן לא הוגדרה חלוקת האחריות בין מינהלת הקריות לבין מנהל הפרויקט בנושא הבקרה התקציבית. הסברי מינהלת הקריות, כי חלוקת התפקידים והאחריות הובהרה בעל פה, אינם עולים בקנה אחד עם כללי המינהל התקין.
בכמה פרויקטים שנבדקו נוצרו חריגות ממסגרת התקציב המאושרת או מלוח הזמנים שנקבע לביצוע הפרויקט. מאחר שהאחריות המוטלת על כל אחד מהגופים הנוגעים בדבר לא הוגדרה במדויק בחוזי ההתקשרות עמם, נאלצה המדינה לשאת בכל ההוצאות שנגרמו מאותן החריגות. באחד הפרויקטים, שהתמשך יותר מהמתוכנן, חרגו ההוצאות בעשרות מיליוני ש"ח מהתקציב המאושר. נוסף על כך דרש הקבלן הראשי מהמדינה פיצוי על התמשכות הפרויקט, והיא שילמה לו 7 מיליון ש"ח. גם מנהל הפרויקט הגיש נגד המדינה תביעה לתשלום פיצויים.
ליד מינהלת הקריות פועלת ועדת מתכננים, שתפקידה לבחור יועצים ומתכננים לעבודות מינהלת הקריות. להמלצות של מנהל הפרויקט השפעה מכרעת בבחירת יועצים ומתכננים, שכן הוא שבוחר חמישה מתכננים מועמדים ממאגר המתכננים, מדרג אותם וקובע להם ציון.
המתכננים והיועצים נבחרים מתוך מאגר מתכננים שהקימה ב-1994 אחת מחברות מינהלת הקריות. לקראת הקמת המאגר לא פרסמה מינהלת הקריות ברבים פנייה המזמינה מתכננים להציג את מועמדותם להיכלל במאגר בציון התנאים הנדרשים לצירופם אליו, כפי שראוי היה לעשות בשים לב למספר הרב של הפרויקטים, היקפם הכספי ותקופת ההתקשרות הממושכת. גם לאחר שנקבעה הרשימה היא לא פורסמה ולא פורסמו כללים לצירוף מתכננים למאגר או לגריעתם ממנו.
סגן החשכ"ל, שהוא יו"ר מינהלת הקריות, אחראי מהצד האחד לביצוע הפרויקטים עם חברות מינהלת הקריות, ומהצד האחר עליו לפקח על הפעילות השוטפת של מינהלת הקריות בכלל ושל חברות מינהלת הקריות בפרט. שניות זו טומנת בחובה פוטנציאל לניגוד עניינים. הביקורת העלתה, כי כדי לזרז את ביצועו של פרויקט אישרו סגן החשכ"ל או חברה ב' להתחיל עבודות מסוימות בפרויקט עוד בטרם התקבלו ההיתרים הנדרשים מרשויות התכנון והבנייה, וכן אישרו לבצע פעולות שונות שטרם אושר להן תקציב.
זאת ועוד, לסגן החשכ"ל הסמכות לקבוע את המקדמים שלפיהם יחושב שכר הטרחה של מנהלי הפרויקטים וחברות מינהלת הקריות, ותפקידו לאשר את החשבונות שהם מגישים לו - כולל החזר הוצאות לחברות מינהלת הקריות. לא נוצרה אפוא הפרדה מלאה בין הגוף המאשר והמפקח לבין הגוף המבצע. עד מועד סיום הביקורת, מארס 2002, לא היה במשרד האוצר מנגנון בקרה הולם ומספק על פעילות מינהלת הקריות.
במהלך הקמתם של רוב הפרויקטים נעשו שינויים רבים. מקצתם נעשו ביוזמת מינהלת הקריות, מקצתם נבעו מדחיות בקבלת החלטות על שטח הבניין או על הפרוגרמה, מקצתם נבעו מהיעדר סיכומים עם המשרדים על התכנון ועל האכלוס, ומקצתם נעשו ביוזמת המשרדים שביקשו לעשות שינויים בבניין. אחד מתפקידיה של מינהלת הקריות הוא להסדיר במועד את כל הנושאים הקשורים בתכנון הפרויקט, ביצועו עד השלמתו במועד המתוכנן ואכלוסו בהתאם לתכנית. השינויים האמורים והעיכובים שנוצרו בעטיים הגדילו את עלות הפרויקטים בסכומים ניכרים.