רשות הזיכרון יד ושם הוקמה על פי חוק זיכרון השואה והגבורה - יד ושם, התשי"ג-1953, לזכרם של יהודים שנספו בשואה, לזכר מעשי גבורתם במלחמתם בנאצים, לזכר קהילות, מוסדות וארגונים יהודיים שהשמידו הנאצים, ולזכר חסידי אומות העולם. תפקיד יד ושם לאסוף את זכרם אל המולדת ולהציב להם שם וזכר.
1. בשנת 1993 החליטה הנהלת יד ושם על תכנית רב-שנתית לפיתוח - פרויקט 2001 - ובה, בין היתר, הקמה של המכלול המוזאוני וחידושו; הקמת בניין חדש לארכיון; הקמת בית ספר מרכזי להוראת השואה, הקמת מרכז מבקרים וארגון מערך החניה. תקציב הפרויקט הסתכם בדצמבר 2001 בכ-95 מיליון דולר. למימון הפרויקט גייסה יד ושם כספים בארץ ובעולם, ומהם כ-24 מיליון דולר טרם התקבלו; ליד ושם אין התחייבות חוזית המבטיחה העברת כל הסכום.
בשנת 1996 פרסמה יד ושם מכרז לבחירת אדריכל לתכנון המבואה והמכלול המוזאוני. לליווי המכרז הקימה יד ושם ועדה מקצועית מייעצת, ולאחר מיון של שני שלבים נבחר אדריכל. ועדת המכרזים לא קבעה מראש את כל הכללים לבחירת האדריכל.
הקבלן לבניית המבואה והמכלול המוזאוני נבחר אף על פי שבצומתי החלטה אחדים לא היה המציע העדיף, מאחר שכמה הצעות אחרות נפסלו בשל ליקויים שנמצאו בהן, והיה אפשר למנוע חלק מהם בשלב ההכנות לפרסום המכרזים. בהכנת התכניות לפרויקט 2001 לא ניתנה הדעת לכל ההיבטים של תחזוקת המבנים, דבר שבעתיד יצריך שינויים והתאמות שמלכתחילה היה אפשר לחסוך בהם.
2. בשנת 1993 הקימה יד ושם את בית הספר המרכזי להוראת השואה, ובשנת 1999 נבנה מבנה חדש לבית הספר. בית הספר עוסק גם בפיתוח תכניות לימודים שמיועדות לתלמידים בני כל הגילים; הדבר נעשה ביוזמתו או מיוזמות של תורמים לפרויקטים הקרובים ללבם. לא תמיד לפני ההחלטה על פיתוח פרויקט חדש בדק בית הספר מה יהיה הביקוש לו, לפיכך לעתים נצבר במחסן מלאי גדול של ערכות לימוד, ולעתים הכמות גדולה הרבה מהביקוש. ערכות הלימוד נועדו למכירה, אולם יש שהערכות מחולקות ללא תמורה; יד ושם לא קבעה אמות מידה באילו נסיבות יחולקו ערכות לימוד חינם ולמי.
3. תרומות הן אחד ממקורות ההכנסה העיקריים למימון התקציב השוטף ולתקציב הפיתוח. רוב התרומות מתקבלות באמצעות אגודות ידידים בארץ ובעולם. אגודות הידידים הן ישויות משפטיות עצמאיות מיד ושם, אך הן פועלות בחו"ל למענה ומזוהות אתה, ולרוב הן רשומות בארצותיהן כעמותות וכמלכ"רים למטרות צדקה. בשנת 2001 פעלו 16 אגודות ידידים. חלק מהאגודות לא עמדו בציפיות של יד ושם, למעט אגודת הידידים בארה"ב המעבירה כספים ליד ושם באופן סדיר. על יד ושם לעגן את קשריה עם האגודות בהסכמים כתובים. סמכות הבקרה של יד ושם על כל אחת מהאגודות צריכה לבוא לידי ביטוי מפורש בהסכמים בינה לבינן.
חלק מכספי התרומות נועד למטרות מסוימות, והוא מופקד ב-49 קרנות: שבע שהן הקדשות רשומות אצל רשם ההקדשות, תשע נוספות צמיתות שאינן רשומות כהקדשות, והשאר מיועדות. בדצמבר 2001 הסתכמו כל הקרנות בכ-111 מיליון ש"ח. משרד מבקר המדינה העלה כי כספי הקרנות מושקעים כמו כל יתרות הכספים של יד ושם, אולם יד ושם זוקפת לזכותן רק חלק מהתשואה שהשיגה על השקעת הכספים.
4. בשנות החמישים הוקמו בישראל ארגונים של ניצולי שואה. בשנים האחרונות, עם הירידה במספר החברים, חתמו אחדים מהם על הסכמים עם יד ושם כדי שתנציח את זכר הנספים והניצולים הקשורים לארגון, ובתמורה תקבל כתרומה את הנכס שבו פועל הארגון; בעבר לא קבעה לעצמה יד ושם אילו בדיקות עליה לעשות לפני החתימה על ההסכמים האמורים, ולעתים לא דאגה להבטיח מראש את זכויותיה בנכס.
5. בבדיקת אגף הכספים נמצאו, ליקויים בנהלים, במחשוב, בבקרה על סידרי קבלת הכספים ביד ושם ובקשרים שבין האגף לאגפים אחרים.