בחלק מעסקות הייצוא של רפא"ל היא נדרשת לבצע רכש ממדינת הלקוח (רכש גומלין), כתנאי לביצוע העיסקה. על פי נתוני רפא"ל, בשנים 1996-2001 היא התחייבה לרכש גומלין בהיקף כספי של כ-366 מיליון דולר, במסגרת עסקות ייצוא בהיקף כספי של כ-415 מיליון דולר.
הנהלת רפא"ל לא קבעה את המבנה הארגוני ואת השיטות לטיפול ולבקרה על רכש הגומלין ברפא"ל, ולא הגדירה את תחומי האחריות ואת הסמכויות של העוסקים בכך בהנהלה ובחטיבות, וממילא נושאים אלה לא קיבלו ביטוי בנהליה. כתוצאה מכך, בהנהלת רפא"ל ובהנהלת חטיבת הטילים לא היה מעקב שיטתי אחר עמידת רפא"ל בהתחייבויותיה ואחר העלויות שצברה בגין רכש הגומלין. היעדר המעקב עלול לגרום להטלת קנסות על רפא"ל ולפגיעה במוניטין שלה.
רפא"ל ניהלה משא ומתן להעברת ידע לייצור כחלק מרכש הגומלין בשתי עסקות ייצוא ללא קבלת היתר ממשרד הביטחון, וייצאה ידע זה תוך ביצוע חריגות מהיתרים ומהוראות משרד הביטחון.
המידע בדבר כלל ההתחייבויות של רפא"ל בהתקשרויותיה השונות, לרבות לרכש גומלין, אינו זמין דיו לכל העוסקים בהתקשרויות אלה. כיוון שכך, קיים חשש שרפא"ל תתחייב, במסגרת הסכמים לרכש גומלין, התחייבויות החופפות בתכולה להתחייבויות אחרות שנתנה, ולא יתאפשר לה לעמוד בהתחייבויותיה אלה, על כל המשתמע מכך.
תכנון מוקדם של רכש הגומלין מהווה שלב חיוני בתהליך ההתקשרות של רפא"ל עם לקוחותיה. משרד מבקר המדינה בדק את תהליכי ההתקשרות לביצוע רכש הגומלין בעסקות ייצוא של חטיבת הטילים לארבע מדינות. בעסקות שנבדקו היו ליקויים שחלקם חזרו ונשנו, בין היתר, כיוון שרפא"ל לא הפיקה לקחים מכל מקרה ומקרה. ראוי לציין, כי להפקת הלקחים ולקביעת המבנה הארגוני והשיטה לביצוע רכש גומלין יש חשיבות יתרה במיוחד בנוגע לחטיבת מערכות, המיועדת לשמש קבלן ראשי בעסקות ייצוא ולעסוק גם ברכש גומלין שהוא נושא חדש בחטיבה זו.