1. היעדרויות קצרות ובלתי צפויות של מורים מעבודתם מכבידות זה שנים על בתי הספר היסודיים וחטיבות הביניים (להלן - בתי הספר). משרד החינוך (להלן - המשרד) אמור לטפל בבעיית ההיעדרויות במסגרת אחריותו הכוללת למערכת החינוך.
2. הפתרון העיקרי הנקוט במערכת החינוך הוא העסקת ממלאי מקום לזמן קצר (להלן - ממלאי מקום) בכיתות שמוריהן נעדרים מהעבודה. המשרד לא קבע מדיניות בנושא מילוי מקום, וההוראות שקבע בנהליו בעניין זה לא כולן עומדות בדרישות החוק.
לפי הוראות המשרד שעוגנו בתקנון שירות עובדי הוראה משנת 1994, בתי הספר רשאים לגייס בעצמם את ממלאי המקום. בהוראות לא צוינו הכישורים הנדרשים מממלאי מקום, אף על פי שעל המשרד לפקח על הנעשה במוסדות החינוך ולהורות להם להעסיק אך ורק ממלאי מקום שעומדים בדרישות הסף להעסקת עובדי הוראה, זאת כדי למנוע פגיעה בתלמידים כתוצאה מהעסקת ממלאי מקום שאינם מתאימים ואף עלולים לפגוע ברמת החינוך.
התברר שבתי הספר מעסיקים במילוי המקום גם אנשים שאינם מורים ואין להם שום השכלה והכשרה פדגוגיות.
בשנת 1997 פרסם המשרד מכרז פומבי לאספקת ממלאי מקום מתאימים, אבל ביטל אותו אחרי שכבר נקבעו הזוכים, כיוון שלדעת הלשכה המשפטית של המשרד נפלו בו פגמים. מאז ביטול המכרז לא הכין המשרד מכרז חדש וגם לא נקט כל צעד אחר שיבטיח גיוס ממלאי מקום ראויים.
המשרד לא קבע נוהל להזמנת ממלאי מקום. הם מועסקים על בסיס "שעות מילוי מקום" (להלן - שעות מ"מ), בלי שנקבעה מכסת שעות שיעמדו לרשות בית הספר בכל שנה, ובלי שנקבע אופן השימוש בשעות. נמצא שהדבר מנוצל לרעה, ושעות מ"מ משמשות גם למטרות אחרות שאינן קשורות כלל להיעדרויות מורים.
3. בשנת הלימודים התשנ"ט ניצלו בתי הספר כ-2.7 מיליון שעות מ"מ. בתחילת שנת הלימודים התש"ס התווה המשרד תכנית שנועדה למנוע שימוש לא נאות בשעות בבתי הספר, ולהביא לחיסכון של כמיליון מהן באותה שנה.
המשרד גיבש ופרסם את התכנית בלי הידברות מוקדמת עם מוסדות החינוך וציבור המורים. צעדיו אלה עוררו מיד התנגדות של הסתדרות המורים בישראל ולאחר שהצדדים גיבשו מחדש את תנאי התכנית נדחתה הפעלתה לשנת הלימודים התשס"א. בסופו של דבר לא הופעלה כלל התכנית. מנכ"לית המשרד דאז והמזכ"ל דאז של הסתדרות המורים מטילים את האחריות לאי ביצוע התכנית איש על כתפי רעהו.
מתחילת שנת הלימודים התשס"א החל המשרד לאסוף נתונים חודשיים על ניצול שעות מ"מ באותה שנה בבתי הספר והכין רשימות מפורטות על הניצול בכל אחד מהם. לפי הרשימות היו בתי ספר שניצלו שעות מ"מ באופן מופרז, ולמטרות אחרות. המשרד לא פעל נגד תופעת ההיעדרויות הבלתי מוצדקות, ונגד השימוש בשעות מ"מ שלא למטרות שלשמן נועדו.