סחר החוץ מלווה בהעברה של מידע רב בין כל הקשורים אליו: יבואנים, סוכני מכס, בנקים מסחריים, חברות הובלה בים ובאוויר, גופים המטפלים באחסון המטענים ובשינועם בנמלי הים והאוויר, אגף המכס ומע"מ (להלן - האגף) ועוד גופים ממשלתיים. מידע זה בא לידי ביטוי במסמכים ובטפסים רבים. ב-1987 החליטה ועדת השרים לענייני כלכלה להקים גוף שיפעיל מערכת מידע לאומית משולבת לסחר חוץ בתחומי היבוא והיצוא (להלן - ממס"ח), שתתבסס על מערכות מחשוב ותייעל ותשפר את העברת המידע. בהחלטת ועדת השרים נאמר, שיו"ר הוועד המנהל של ממס"ח יהיה מנהל האגף או המשנה לו, ושממס"ח תפעל כגוף עצמאי הנושא את עצמו שאינו למטרות רווח.
רבות מהחלטות ועדת השרים לגבי ממס"ח לא יושמו: מעמדה המשפטי-ארגוני של ממס"ח לא הוסדר; מינהלת ממס"ח, שהייתה אמורה להיות בעלת האחריות והסמכות בכל הקשור לארגון, לניהול ולהפעלה של ממס"ח, חדלה לפעול ב-1992; תקנון ממס"ח, שהיה אמור לקבוע את הסדרים והנהלים בעניינים המהותיים הנוגעים לפעילות ממס"ח, בכלל זה מי יבקר את פעולותיה, לא אושר, ועקב כך לא נעשתה בממס"ח ביקורת פנימית - גם לא של מבקר האגף.
תכנית העבודה השנתית של ממס"ח לשנת 2001 לא הוכנה על פי הקבוע בנוהל המסגרת שנקבע לפיתוח ותחזוקה של מערכות ממוחשבות במשרדי הממשלה, שהוא נוהל מחייב. בתכנית חסרו נתונים חשובים, כגון אומדנים של עלות הביצוע ותאריכי יעד מפורטים לביצוע השלבים השונים בפרויקטים המתוכננים.
עיקר פעולתה של ממס"ח הייתה הקמת שלוש מערכות ממוחשבות להעברת מידע. במהלך השנים הצטמצמה פעילותה של ממס"ח, ועקב כך לא נוצל חלק ניכר מתקציבה. פעילות ממס"ח ממומנת מאגרת המחשוב המוטלת על היבואנים; אולם הצמצום בפעילותה של ממס"ח לא הביא להפחתת האגרה.
תקציב הפיתוח של ממס"ח, שהיה אמור לשמש רק לפיתוחן של מערכות מידע, שימש במשך שנים גם לכיסוי גירעונות שוטפים שנוצרו מהפעלת אחת ממערכות המידע של ממס"ח.
מנהל ממס"ח הוא יו"ר ועדת ענ"א של האגף, שמתפקידה לאשר התקשרויות בתחום עיבוד הנתונים האוטומטי. נמצא שהוא השתתף גם בדיוני הוועדה שהתקבלו בהם החלטות בענייניה של ממס"ח. בנסיבות אלה הוא הנחה את תהליך קבלת החלטות גם בעניינים הנוגעים לבקשות שהוא עצמו הגיש, בלא שנעשתה בקרה ניהולית נאותה על תהליך זה.
ממס"ח החליטה למנות את המשנה למנהל האגף ליועץ אסטרטגי לאחר צאתו לגמלאות. העסקתו כיועץ היא המשך ישיר להעסקתו כעובד בשירות המדינה. אופן ההתקשרות עמו ואופן העסקתו אינם עולים בקנה אחד עם הוראות התכ"ם והתקשי"ר.
ממס"ח האריכה כמה וכמה פעמים את ההתקשרות עם חברה שעובדיה משמשים לה צוות מקצועי, בלא לקיים דיון ממצה בנושא הקשר שלה עם החברה, נוכח הירידה בפעילותה של ממס"ח והשינויים שחלו בשנים האחרונות בתחום מערכות המידע הממוחשבות. הנהלת ממס"ח אישרה את דרישות התשלום של החברה אף שלא פורט בהן בעבור איזו פעולה של הצוות המקצועי נדרש כל תשלום.