פעולות הביקורת
נבדקו היבטים בהתמודדות של גורמי הביטחון ושל המערכות האזרחיות הנוגעות בדבר למניעת הברחת אמצעי לחימה לגורמים עוינים: סוגיות הקשורות בהתמודדות גורמי המודיעין עם איום זה; סוגיות במענה המיבצעי להברחת אמצעי לחימה דרך הגבולות היבשתיים ולהברחת אמצעי לחימה במטענים דרך המעברים היבשתיים והימיים של מדינת ישראל. עוד נבדקו, אופן הטיפול למניעת החדרתם או הברחתם של חומרים מסוכנים, ודרכי אבטחתם של מאגרים של אמצעי לחימה בצה"ל ושל מאגרי נשק ותחמושת במגזר האזרחי מפני גניבה. הביקורת נערכה במשרד ראש הממשלה - במועצה לביטחון לאומי ובשירות הביטחון הכללי; בצה"ל - במטה הכללי ובשלושת הפיקודים המרחביים; במשטרת ישראל; במשרד האוצר - באגף המכס ומע"מ; במשרד התחבורה, ברשות שדות התעופה וברשות הנמלים והרכבות; במשרד לאיכות הסביבה - באגף חומרים מסוכנים; במשרד הפנים - באגף לרישוי ופיקוח; ובמשרד הביטחון - באגף לסיוע ביטחוני.
בצה"ל ובמשרד הביטחון נערכה ביקורת בנושא נשק פחות קטלני. הביקורת התייחסה לנושאים הבאים: ההצטיידות והשימוש בנשק פחות קטלני המצוי ברשות צה"ל במהלך פעילות כוחותינו באזור יהודה והשומרון ופעילות הפיתוח והרכש של נשק פחות קטלני שיענה לצרכים מיבצעיים חדשים.
בנושא רמות מלאי של תחמושת כבדה עבור כוחות היבשה לשעת חירום נבדקו בעיקר: אופן קביעת היקף המלאי הדרוש, והמצאי ביחס ליעדי ההיערכות המתוכננים. הביקורת נערכה במטה הכללי - באגף התכנון, באגף המיבצעים ובאגף הטכנולוגיה והלוגיסטיקה; במפקדת הזרוע לבניין הכוח היבשה; במפקדות של שלושת הפיקודים המרחביים; במפקדת קצין הרפואה הראשי; במפקדות של שתי אוגדות במילואים בפיקוד הצפון ובמפקדת אוגדה במילואים בפיקוד הדרום.
נערכה ביקורת על סדרי הטיפול בנושא דירוג עובדי מחקר בצה"ל ובגופים ממשלתיים במערכת הביטחון העוסקים במחקר ובפיתוח. נבדקו, בין היתר: עבודות הוועדה לדירוג עובדי מחקר בצה"ל והוועדה העליונה לדירוג עובדי מחקר במערכת הביטחון, הפועלת בנציבות שירות המדינה; והטיפול בנושא דירוג עובדי המחקר בזרועות ובחילות צה"ל ובגופים הממשלתיים שבמערכת הביטחון, העוסקים במחקר ובפיתוח. הביקורת נערכה בצה"ל - בוועדה לדירוג עובדי מחקר בצה"ל, באגף התכנון, באגף כוח אדם, באגף הטכנולוגיה והלוגיסטיקה, באגף המודיעין, בחיל האוויר ובחיל הים; במשרד הביטחון - באגף התקציבים, במינהל למחקר ופיתוח אמצעי לחימה ותשתית טכנולוגית (מפא"ת), ובאגף משאבי אנוש; בנציבות שירות המדינה ובוועדה העליונה לדירוג עובדי מחקר במערכת הביטחון, הפועלת בנציבות שירות המדינה. בדיקות השלמה נעשו באגף הממונה על השכר במשרד האוצר.
בנושא גיוס תרומות עבור צה"ל והשימוש בהן נבדקו בעיקר: הפקודות וההוראות הקיימות בנושא קבלת התרומות, וקיומן הלכה למעשה; תיאום הפעולות בין הגורמים העוסקים בנושא; סדרי העבודה של האגודה למען החייל והקרן למען ביטחון ישראל מול צה"ל; הפיקוח של צה"ל על קבלת תרומות מגורמים אזרחיים; קבלת תרומות מחו"ל, וסוגיות נוספות הנוגעות לפעילותן של האגודה למען החייל והקרן למען ביטחון ישראל. הביקורת נערכה בצה"ל - באגף כוח אדם, באגף התכנון, בפיקוד הצפון, בפיקוד המרכז, בפיקוד הדרום, בחיל האוויר, בחיל הים וביחידות נוספות; באגודה למען החייל ובקרן למען ביטחון ישראל; ובמשרד הביטחון - באגף הכספים ובאגף התקציבים. בדיקות השלמה נעשו אצל רשם העמותות שבמשרד הפנים.