פעולות הביקורת
באגף התקציבים ובאגף הכספים שבמשרד הביטחון נערכה ביקורת על אופן ניהולם של שלושה סוגי הקפאות בתקציב הביטחון, המהווים את הנתח העיקרי של ההקפאות. ביקורת השלמה נערכה בצה"ל.
בתחום הבנייה במערכת הביטחון נבדקו שלושה מבין השלבים העיקריים של מלאכת הבנייה: היבטים בזימון קבלנים להשתתף במכרזים סגורים, פיקוח על עבודות בנייה ותהליך ההתחשבנות עם הקבלנים. הביקורת נערכה באגף בינוי ובאגפים אחרים שבמשרד הביטחון; בצה"ל היא נערכה במרכז בינוי שבאגף הטכנולוגיה והלוגיסטיקה ובמחלקת בינוי שבמפקדת חיל האוויר.
חיל האוויר מעניק שירותי הטסה למשרדי ממשלה, לגופים ממשלתיים ולמוסדות שונים, לרבות פעולות סיוע והצלה. במשרד הביטחון ובחיל האוויר נערכה ביקורת על סדרי הגבייה וההתחשבנות הכספית בין משרד הביטחון לבין המקבלים שירותי הטסה.
נבדקו היבטים בפעולות יחידת עוזר שר הביטחון להתיישבות, תשתית ולאזורי פיתוח. נבדקו בעיקר היבטים בתכנון, בתקצוב, בבקרה ובביצוע של פעולות יחידת עוזר השר הנוגעות למימון רכישת מרכיבי ביטחון, ולפרויקטים בתחום התשתית הביטחונית לרשויות מקומיות. בדיקת השלמה נערכה בענף תשתית שביחידת מתאם הפעולות בשטחים.
בשלהי שנת 1999 הוחלט להקים מערך כבאות והצלה אחוד שיפעל במצבי חירום. מערך אחוד זה מושתת על שירותי הכבאות הקיימים שיתוגברו בכוח אדם ממקורות פיקוד העורף. נבדקה היערכותו של מערך הכבאות וההצלה האחוד, והצטיידותם של שירותי הכבאות לקראת אירוע בלתי-קונבנציונאלי שלא בחירום, כשהמערך האחוד אינו מופעל. הביקורת נערכה בצה"ל - בפיקוד העורף ובאגף התכנון; במשרד הפנים - בנציבות כבאות והצלה ובחלק משירותי הכבאות הפרוסים בארץ; ובאגף כוח אדם בשעת חירום שבמשרד העבודה והרווחה.
נערכה ביקורת מעקב אחר תיקון הליקויים שהועלו בדוח ביקורת בנושא מרחב התפר שפורסם ביולי 2002, וכן בחינה של יישום החלטת ועדת השרים לביקורת המדינה המתייחסת לדוח זה. הביקורת נערכה בצה"ל, במשרד הביטחון, במועצה לביטחון לאומי ובמשטרת ישראל.