בינואר 1994 אישרה הממשלה הקמת מסוף נוסעים חדש בנמל התעופה בן-גוריון (להלן - נתב"ג 2000). בתכנית מתאר ארצית (להלן - תמ"א) 2/4א' נקבע כי נתב"ג יחובר לרשת מסילות הברזל. תוואי המסילה חוצה, בין היתר, את כביש הגישה למושב צפריה. חברת רכבת ישראל בע"מ (להלן - הרכבת) החליטה להקים במקום המפגש של כביש הגישה למושב ומסילת הרכבת גשר מעל תוואי המסילה.
הגשר שנבנה חורג מהגבלות הבנייה לגובה שנקבעו בתמ"א 2/4. כדי למנוע פגיעה בבטיחות הטיסה דרש מינהל התעופה האזרחית במשרד התחבורה (להלן - מת"א) לעשות התאמות במסלול המראה ונחיתה בנתב"ג. ביולי 2002 התברר לרשות שדות התעופה (להלן - הרשות) שהרכבת החלה בבניית גשר ובאוגוסט הורה מת"א להפסיק את בניית הגשר בשל חשש לפגיעה בבטיחות הטיסה. בנובמבר אותה שנה הורה מנכ"ל משרד התחבורה (להלן - המשרד) לחדש את הבנייה. במועד סיום הביקורת, סוף 2003, היה הגשר בשלבים האחרונים של הקמתו. לפי מסמכי המשרד, עם פתיחתו של הגשר לתנועה יהיה צורך להגביל את גובה כלי הרכב שינועו עליו.
הרכבת לא תיאמה עם מת"א את עניין הגבלות הבנייה לגובה המשפיעות על בטיחות הטיסה בקרבת נתב"ג כנדרש בתכנית המתאר המקומית ותכנית מפורטת מח/135 שעל פיה נבנה הגשר.
נמצא, כי במשרדי התחבורה והפנים אין נוהל בכתב המסדיר העברת תכניות היכולות להשפיע על בטיחות הטיסה מוועדות לתכנון ולבנייה במשרד הפנים למת"א. העברת התכניות נדרשת כדי שמת"א יאשר את גובה המבנים המותר בלי לפגוע בבטיחות הטיסה. נמצא, שתהליך התיאום בין הגורמים המעורבים בתכנון הגשר היה לקוי.
הגשר נבנה בעלות של כ-8 מיליון ש"ח. בעת הארכת מסלול ההמראה והנחיתה בנתב"ג שמספרו 08-26, בהתאם להוראות תמ"א 2/4, יהיה על הרכבת להרוס את הגשר.