השירות המטאורולוגי (להלן - השירות) הוא יחידת סמך במשרד התחבורה (להלן - המשרד). השירות הוא הגורם הממלכתי העוסק בתחום המטאורולוגיה. בתחום זה פועלים גם גופים ממשלתיים, ציבוריים ופרטיים אחרים. ענף המטאורולוגיה פועל ללא מסגרת חוקית שתגדיר ותסדיר את השירותים הממלכתיים שעל השירות המטאורולוגי לספק ואת השירותים המטאורולוגיים שניתן לפתוח לתחרות. טיפולם של השירות והמשרד בטיוטה של הצעת חוק משנת 2000 נמשך מעל ארבע שנים, ועד מועד סיום הביקורת ביולי 2003 עדיין לא הסתיים, וההצעה לא הונחה על שולחן הכנסת.
בפברואר 1998 החליט מנכ"ל משרד התחבורה דאז, כי השירות לא ישתתף במכרז למתן שירותים מטאורולוגיים בהיקף כספי גדול שניתנו עד 1997 בידי השירות, וזאת לפני שנוצרו בענף זה תנאי תחרות הולמים, כפי שעולה ממסמכי המשרד.
מאז 1990 לא עשה השירות בדיקת עלויות לעדכון המחיר לשעת עבודה; לא נמצאו מסמכים שמעידים על הדרך בה חושבו המחירים שגבה השירות עבור השירותים שהוא סיפק ועבור שאילתות; ולא תועדו נימוקים למתן הנחות מתשלום.
השירות מפעיל רשת של תחנות מטאורולוגיות למדידת נתוני אקלים אשר מועברים אל השירות. השירות לא יישם המלצות ועדה שהקים בנוגע לצורך לבחון את הפיזור המיטבי של התחנות המטאורולוגיות. אין רשימה מסודרת של הציוד שנמצא בתחנות שמפעיל השירות; אין תכנית שנתית לבדיקת תקינות הציוד וכיולו; אין רישום סטטיסטי של תקלות בתחנות ושל משך הזמן שעובר בין הקריאה לתיקון, ובכמחצית התחנות אין כלל רישום של נתונים אלה.
בהיעדר תקציב, לא הוכנה מערכת של מידע חיוני על סביבת התחנות המטאורולוגיות (METADATA) שאמורה לכלול את המידע הזה: אמצעי המדידה הקיימים בתחנות, תדירותם של ביקורי התחזוקה בהן, כיול המכשירים והתיקונים שבוצעו, וכן נתונים נוספים המשפיעים על המדידות הנעשות בתחנות.
קיים פיגור רב בבקרה על נתונים מטאורולוגיים שמתקבלים בשירות מרשת התחנות המטאורולוגיות שהוא מפעיל. הפיגור בבקרה הסופית של הנתונים מגיע עד כדי שנתיים. מערכת של בקרת נתונים ממוחשבת שהוזמנה ב-1999 ושעבורה שולמו 188,000 ש"ח (30% יותר מהמחיר המקורי), טרם הופעלה, משום שהשירות לא ביצע פעולות חיוניות להפעלתה שהיו באחריותו.
השירות לא הגיש הצעות לביצוע מחקרים בתחום המטאורולוגי לקרנות מחקר לאומיות ובין-לאומיות. בניגוד לייעודו כגורם הממונה בפועל על ענף המטאורולוגיה בארץ, לא עשה השירות מחקרים בתחומים בעלי חשיבות לאומית.