האוכלוסייה הבדואית משרתת בצה"ל על בסיס התנדבותי. הטיפול של צה"ל באוכלוסייה זו הינו ייחודי, והוא כולל ביצוע פעילויות לפני הגיוס, במהלך השירות ולקראת השחרור. בנובמבר 1998 קיבלה ממשלת ישראל החלטה בנושא "תכנית פיתוח ליישובי הבדואים בצפון", שבמסגרתה פורטו היעדים והמטרות שהציב לעצמו משרד הביטחון בנוגע לבדואים, כלהלן: חיזוק הזיקה של האוכלוסייה הבדואית למדינת ישראל ולצה"ל; הרחבת היקף המתנדבים הבדואים לשירות בצה"ל והכנתם לגיוס; וחיזוק החיילים הבדואים המשרתים בצה"ל והמשוחררים ממנו. באוגוסט ובנובמבר 2002 אישרו ראש אגף כוח האדם בצה"ל (להלן - אכ"א) וראש אגף התכנון בצה"ל (להלן - אג"ת) תכנית, שמטרתה להביא לגידול ניכר בשיעור המתגייסים הבדואים לצה"ל.
מספר הבדואים שהתנדבו לשירות בצה"ל מאמצע שנות התשעים ועד שנת 2000 היה במגמת עלייה. לאחר פרוץ העימות עם הפלסטינים, בספטמבר 2000, חלה ירידה משמעותית במספר המתגייסים לצה"ל מקרב אוכלוסייה זו, ומאז שנת 2002 השתנתה מגמה זו והחלה להסתמן עלייה. במרס 2004 שירתו בצה"ל למעלה מאלף חיילים בדואים, חלקם בשירות קבע. הבדואים משובצים בשלושה מסלולים עיקריים בליבת הפעילות המיבצעית של צה"ל: כגששים ביחידות של שלושת הפיקודים המרחביים (כ-42% מהם); בגדוד הסיור הבדואי (כ-18% מהם); וביחידות משמר הגבול, הפועלות במסגרת צה"ל (כ-7% מהם). יתר החיילים הבדואים (כ-33%) שירתו בכלל יחידות צה"ל.
להלן הממצאים העיקריים שהועלו בבדיקת הטיפול של צה"ל בחיילים הבדואים המשרתים במסגרתו:
א. אחד התפקידים שנקבעו לאגף הנוער, הנח"ל ומשימות לאומיות שבמשרד הביטחון (להלן - אגף הנוער והנח"ל) ולמפקדת קצין החינוך והנוער הראשי שבצה"ל (להלן - מקח"ר) הוא לעסוק בעידוד התנדבות הבדואים לשרת בצה"ל ובהכנתם לקראת השירות בצה"ל. נמצא, כי אגף הנוער והנח"ל קיים פעילות לעידוד הגיוס של הבדואים רק בצפון הארץ, וכי הפעילות של מקח"ר בתחום זה בדרום הארץ הינה חלקית ואינה מקיפה את רוב מוסדות החינוך ביישובי הבדואים. חלק מהמשימות שהגדירו לעצמם שני גופים אלה עסקו בתחומים חופפים, ולא נקבעה חלוקת עבודה ברורה ומפורטת ביניהם.
ב. אחד הכלים של צה"ל לעידוד הגיוס של הבדואים לצה"ל הוא גיוס נציגים נבחרים מהמגזר הבדואי לשירות מילואים, והפעלתם לשם השפעה על בני הנוער הבדואים ועידודם לשרת בצה"ל. שירות זה מוכר להם כשירות חלופי לשירות חובה בצה"ל. נמצא, כי לא נקבעה תכנית המגדירה את אופן הפעלתם של אנשי מילואים אלה, לא נקבעו יעדים, משימות ומדדי הצלחה לפעילותם ומספר ימי המילואים שעליהם לבצע. היעדר טיפול ראוי בנושא זה, הביא לאי-מיצויו של כלי זה בכל הנוגע לעידוד ההתנדבות של הבדואים לצה"ל. בשנים 2002 ו-2003 רק 9% מאנשי מילואים אלה ביצעו שירות מילואים פעיל.
ג. בשנת 2002 אישר ראש אכ"א מסלול שירות ייחודי לבדואים בצה"ל, שיועד בשלב הראשון לחיילי גדוד הסיור הבדואי (להלן - הגדס"ר) בלבד. לפי מסלול זה, שלושת חודשי השירות הראשונים יכללו הכנה לשירות בצה"ל, הקניית השכלת יסוד ולימוד השפה העברית; ושישה חודשי השירות האחרונים, שיהיו בתנאי קבע, יכללו השלמת השכלת יסוד והכוונה והכשרה מקצועית לאזרחות. נמצא, כי אף על פי שמסלול שירות זה יועד בשלב הראשון רק לכ-18% מהחיילים הבדואים המשרתים בצה"ל (חיילי הגדס"ר), גם הוא לא מומש. ללימוד השפה העברית יש השפעה על יכולתם של חיילים אלו להתמודד עם נושאי לימוד עיוניים הנלמדים במהלך הטירונות, ולכך יש השלכות מעשיות ניכרות על אופן הכשרתם.
ד. להקניית השכלת היסוד וללימוד השפה העברית יש השפעה גם על יכולתם של החיילים להשתלב בחיים האזרחיים לאחר שחרורם. נמצא, כי 85% מהחיילים הבדואים שהתגייסו בשנת 2000 וכ-93% מאלה שהתגייסו בשנת 2001, ואשר על פי נתוניהם היו חייבים להשתתף בקורסים ללימוד השפה העברית, השלימו את שירותם בצה"ל או שעמדו על סף שחרור בלי שהשתתפו בקורסים אלה. רק 18% מבין החיילים הבדואים, שהתגייסו לצה"ל בשנת 2001, והיו חייבים בהשלמת השכלת יסוד, השתתפו בקורסים אלה.
ה. חלק ניכר מהחיילים הבדואים זכאים לקבל תשלומי משפחה, שמעניק צה"ל למשפחות חיילים הנזקקות לכך. בשל היותם של החיילים הבדואים מתנדבים, הם יכולים להגיש בקשות לתשלומי משפחה רק לאחר גיוסם, כך שהאישורים לקבלת תשלומים אלה מתקבלים מספר חודשים לאחר תחילת שירותם. נמצאו מקרים שבהם אושרו תשלומי משפחה לחיילים בדואים חודש וחצי עד ארבעה חודשים לאחר יום גיוסם לצה"ל, ובכך נפגעו זכויותיהם לקבל תשלומים אלה, שנועדו לאפשר למשפחותיהם קיום מינימלי.
ו. פעילות הכנה לשחרור נועדה להקל על החיילים את השתלבותם בחיים האזרחיים. בפעילות זו עוסקים שני גורמים מרכזיים: מקח"ר, העוסקת בהכנה לשחרור של החיילים בשירות חובה, ומחלקת הפרישה באכ"א, העוסקת בהכנה של קצינים ונגדים המשתחררים משירות קבע. נמצא, כי אף שכבר בשנת 2002 הכירה מקח"ר בצורך לתת מענה ייחודי להכנת החיילים הבדואים לשחרור, רק במרס 2004 התקיימה לראשונה סדנת הכנה לשחרור ייחודית לחיילים הבדואים, וגם בה השתתפו רק כ-22% מהחיילים שתאריך שחרורם חל בחודשים אפריל עד אוקטובר 2004. מגוון הפעילויות שמקיימת מחלקת הפרישה אינו תואם את צורכי הקצינים והנגדים הבדואים, והם כמעט שאינם משתתפים בהן.