משימותיו הלוגיסטיות של צה"ל כוללות גם הספקה של שירותים רפואיים לחיילים המשרתים בשורותיו. הספקת שירותים אלה נעשית הן במרפאות הצבאיות ובמתקני האשפוז הצבאיים והן במרפאות ובבתי החולים האזרחיים.
משרד מבקר המדינה בדק מספר היבטים מרכזיים של הספקת שירותים רפואיים בשגרה, וביניהם: ההגדרה של "סל" השירותים הרפואיים שאותם זכאים החיילים לקבל מצה"ל; תמחור המרפאות הצבאיות לצורך השוואה עם עלויות הרכש ממערכת הבריאות האזרחית; הרופאים בצה"ל; וההסכם של מערכת הביטחון עם משרד הבריאות. להלן עיקרי הממצאים:
א. מאז שנות השמונים שואף צה"ל להרחיב את הספקת השירותים הרפואיים בתוך צה"ל ובמתקניו, ולצמצם את הרכש ממערכת הבריאות האזרחית. זאת, על בסיס ההנחה הרווחת בצה"ל, ולפיה - השירותים הרפואיים הניתנים בתוך צה"ל ובמתקניו הינם איכותיים יותר וזולים יותר מאלה הניתנים על ידי מערכת הבריאות האזרחית. נמצא, שהנחה זו, ובהתאם לכך גם המגמה הנובעת ממנה, אינן נשענות על הגדרות ונתונים מלאים ועדכניים, החיוניים לקבלת החלטות לטווח הארוך ואף לא על ניתוח כלכלי ריאלי של כלל העלויות הכרוכות בהפעלת מערך המרפאות הצבאיות.
ב. אין עדיין בצה"ל הגדרה מעודכנת של היקף צרכיו ברופאים צבאיים; חסרים לו מפתחות מעודכנים לתקינת הרופאים המשרתים בו והתפלגויותיהם השונות; ומצבת הרופאים הצבאיים גדולה יותר מהתקן. כמו כן, אין בצה"ל נתונים מלאים ואמינים בנוגע לסך כל ההשקעות מתקציב הביטחון - הישירות והעקיפות - הכרוכות במסלול ההכשרה של הרופא הצבאי.
ג. אף על פי שצה"ל החל לפני כשלוש שנים בתהליך של אזרוח מרפאות צבאיות המספקות שירותים רפואיים לאנשי קבע, טרם הסתיים תהליך הסקת מלוא המסקנות בנוגע ליתרונות ולחסרונות, לרבות הכלכליים, שנבעו לו מכך. לפיכך, טרם התקבלו החלטות על עתיד השירות הרפואי לאנשי הקבע. כתוצאה מכך, בין השאר, נהנו בשנת 2003 כ-2,500 אנשי קבע, ששירתו בעבר במחנה "רבין" בקריה שבתל אביב ועברו לשרת במקום אחר, מזכאות לקבל שירות רפואי על חשבון צה"ל הן במרפאות צבאיות והן במרפאות אזרחיות של אחת מקופות החולים.
ד. הרכש של שירותים רפואיים ממשרד הבריאות מתנהל במסגרת הסדר שנמצא זה מספר שנים במשא ומתן לעדכונו, ושאינו מספק פתרונות לקשיים הקיימים בקשר שבין משרד הביטחון למשרד הבריאות; קשיים אלה נובעים, בין השאר, מהזיקה שבין היקף רכש השירותים הרפואיים ממשרד הבריאות לבין היקף ההעסקה וההכשרה של כוח אדם צבאי בבתי החולים שבבעלותו, ומאופן ההתחשבנות בין הצדדים הנובע מכך.
ה. הרכש של שירותים רפואיים ממערכת הבריאות האזרחית, על אף היותו בעל היקף קשיח יחסית, שניתן לחיזוי ברמת סבירות גבוהה, אינו מתנהל במסגרת תקציב המבוסס על נתונים והערכות ריאליים. התקציב המקורי, שאושר בשנים 2000-2003 לצורך רכש שירותים רפואיים, לא תאם להיקף הפעילות הצפוי בתחום זה והיה נמוך משמעותית מהנדרש. כתוצאה מכך, ונוכח הצרכים הקיימים, במהלך שנים אלו חל גידול זוחל בתקציב השנתי, ונוצרו מצבים, שבהם התקציב הותאם בדיעבד לצריכה.