פעולות הביקורת
באגף השיקום שבמשרד הביטחון נערכה ביקורת על היבטים הקשורים לפעולתה של הוועדה להענקת זכויות לפנים משורת הדין בנושאים פרטניים, ועל הסדרים כלליים למתן זכויות לפנים משורת הדין. נערכה גם ביקורת מעקב אחר תיקון הליקויים שעלו בדוח 51א של מבקר המדינה בנושא התקשרויות אגף השיקום. בנוסף לאגף השיקום, נערכה הביקורת ביחידות שונות של משרד הביטחון, וביניהן: אגף ארגון, בקרה ומינהל; אגף התקציבים; ואגף הכספים.
נבדק תהליך אזרוח משימות במערכת הביטחון בשנים 1999-2003, ובכלל זה גיבוש מדיניות בנושא, קביעת אמות מידה מנחות לזיהוי משימות אפשריות לאזרוח, ניהול תהליכי האזרוח והבקרה עליהם. נבדקו, בין היתר, מדיניות משרד האוצר ופעילותו לקידום אזרוח משימות של מערכת הביטחון, פעולותיו של משרד הביטחון לגיבוש התפיסה הכוללת בנושא ודרכי הפעולה ליישומה; ופעילויות במסגרת צה"ל להגשמת מטרות האזרוח ולהשגת יעדיו. הביקורת נערכה במשרד הביטחון, בצה"ל ובמשרד האוצר.
בצה"ל, במשרד הביטחון ובמשרד הבריאות נערכה ביקורת על מספר היבטים מרכזיים של השירותים הרפואיים שצה"ל מספק לחייליו בשגרה. בין היתר, נבדקו ההספקה של שירותים רפואיים במרפאות צבאיות, תהליכי הרכש של שירותי רפואה ממערכת הבריאות האזרחית, וניהול התקציב לריפוי ולבריאות על ידי צה"ל ומשרד הביטחון.
נערכה ביקורת ביחידה לצנזורה לדואר ולתברוקה. נבדקה מידת תרומתה למילוי תפקידם של גופים שקיבלו ממנה שירות; סוגיית האיזון שבין מידת תרומתה של הצנזורה לביטחון המדינה לבין מידת הפגיעה בזכויות הפרט בישראל, בשל פעילותה.