בנובמבר 1990 הוקמה חברת התעשייה הצבאית לישראל בע"מ (תעש) (להלן - תעש) על מנת לקבל לידיה כעסק פועל את התעשייה הצבאית, שפעלה עד אז כיחידת סמך במשרד הביטחון (להלן - משהב"ט). בהסכם הנכסים ובהסדר המקרקעין להקמתה נקבע, כי יוחכרו לתעש כ-80,000 דונם, שאת מרביתם הקצה מינהל מקרקעי ישראל (להלן - המינהל) תמורת תשלום. כ-8,000 דונם מביניהם הוקצו לפני קום המינהל, בלי תשלום, מרביתם נמצאים באזור השרון, ושוויים נאמד בכ-2 עד 4 מיליארד דולר.
המינהל ותעש לא חתמו על חוזי חכירה לקרקעות תעש. משרד האוצר (להלן - האוצר) לא העביר למינהל תמורת הקרקעות שהוקצו בלי תשלום את דמי החכירה המגיעים לו לפי הסדר המקרקעין. בדוחות הכספיים של תעש היא רשמה, שהאוצר שילם למינהל עבור חכירת הקרקעות 15 מיליון דולר, ושהיא הנפיקה אג"ח בתמורה לכך. זאת, למרות שבפועל היא לא הנפיקה את האג"ח ולמינהל לא שולמו 15 מיליון הדולר. תעש אכן הדגישה במסמכיה, כי בדוחות הכספיים נרשמו פעולות רכישת המקרקעין והנפקת האג"ח, כאילו בוצעו.
בהסדר המקרקעין נקבע, שהתמורות משיווק הקרקעות, שהוקצו בלי תשלום, יועברו כולן לאוצר. אף על פי כן דרשה תעש לקבל חלק מתמורות אלו, ואילו האוצר התנגד לכך. בין תעש לבין האוצר נתגלעה מחלוקת בעניין זה. מחלוקת מתמשכת זו הינה בין הגורמים לעיכוב פינוי המפעלים, הטיפול בזיהומי הקרקע ומי התהום והפרטת תעש.
בדוחות הכספיים של תעש ל-31.12.02 הוצגו 90 מיליון דולר כנכס (קרקע). זאת על בסיס מסמך של מנכ"ל משרד האוצר, שבו נכתב כי בספטמבר 2004 תקבל תעש מהמדינה סכום זה. על פי הודעת האוצר למשרד מבקר המדינה, העברת 90 מיליון הדולר תתבצע רק לאחר שיווק קרקע שפינתה תעש. שיווק הקרקע אינו צפוי בשנים הקרובות. המחלוקת בין האוצר לבין תעש בדבר מועד העברת 90 מיליון דולר מהמדינה לתעש, יוצרת ספק בדבר ערך הנכס שניתן להציג בדוחות הכספיים של תעש ל-31.12.03. עקב כך, ביוני 2004 טרם אושרו דוחות כספיים אלו.
תעש משכירה בעיקר לגופים של המדינה מבנים וחצרות בהיקף כספי של כ-2.3 מיליון דולר לשנה. היא לא ביקשה את אישור המינהל להשכרה כנדרש, וכן אינה מעבירה את תקבולי ההשכרה (בניכוי מסים והוצאות) לאוצר, כפי שנקבע בהסדר המקרקעין. תעש בנתה מבנים להשכרה עבור אחד ממשרדי הממשלה מתקציב לפינוי מפעל, שלא נועד למטרה זו, בלי שהדבר הובא כלל לידיעת האוצר, וממילא בלי שנתקבלה הסכמתו לכך.
בנובמבר 2002 החליטה הממשלה, כי תעש והמינהל יפעלו להעברת "מתקן אליהו" מרמת השרון לרמת בקע תוך שלוש שנים. בדצמבר 2002 נתבקשה תעש להציג תכנית, על מנת לבחון את היתכנות ביצוע ההעברה בלוחות הזמנים שקבעה הממשלה. נוכח אי-תקצוב ההעברה, ניתן להעריך, שהיא לא תתבצע בלוחות הזמנים שנקבעו. באוקטובר 2003 הציגה תעש לשר הביטחון תרשימים ללוחות הזמנים לפינוי המתחם. בתרשימים נעשתה הטיה בנתונים, בכדי לאפשר מצג, שיצביע על כך שהזרמת כסף לתעש תקצר את לוחות הזמנים בשנה.
המינהל אינו מוכן לקבל מתעש את החזקה על אתר צפון צור שבהרצליה ומתחם בית הכרם שבירושלים, על אף שתעש עמדה בהתחייבויותיה לפינוים. בכך הפך המינהל את תעש ל"בת ערובה" לפיקוח ולשמירה על המקרקעין. לפי הסכם לפינוי אתר צפון צור, יחזיר המינהל לתעש את עלויות אחזקתה במתחם. אולם האוצר לא תקצב החזר עלויות זה, כיוון שבמשך למעלה משנתיים לאחר הפינוי טרם יושבה מחלוקת בין תעש לבין האוצר בנוגע להחזר העלויות. יודגש, כי בפועל אין מי ששומר על הקרקעות שפונו, או מאתר מקרי פלישה.
מתחם במרכז הארץ נכלל במקרקעין שהועברו לתעש עם הפיכתה לחברה, והוא כולל למעלה מ-300 דונם, ובהם אלפי פריטי תחמושת ונפלים, רובם המכריע שלל ממלחמת ששת הימים (להלן - שטח הנפלים). בשטח הנפלים מצויים, במצבורים ומתחת לפני הקרקע, פגזים, רימונים, מוקשים, חומרי נפץ וקטיושות. מצבורים אלו לא אובטחו במשך כ-35 שנה. במהלך השנים נגנבו מהמתחם פריטי תחמושת רבים. מדובר במחדל ביטחוני ובטיחותי חמור ביותר ומתמשך. בנוסף לזאת, במתחם ובשביל הכניסה אליו יש מצבורי פסולת, וכן נגנב חול מהמתחם ומסביבתו הקרובה במשך שנים.
בשנים 1992-2004 ניהלו תעש והמינהל משא ומתן מתמשך להחזרת המתחם שבמרכז הארץ מתעש למינהל, שלא השתכלל לכדי הסכם. בנסיבות אלה, עד ליוני 2004 טרם החזירה תעש למינהל את המתחם, לרבות שטח הנפלים. המינהל מצדו נקט סחבת בטיפולו בנושא. תעש והמינהל לא החליפו ביניהם סיכומי דיונים והחלטות, ולא אישרו זה לזה את סיכומי הדיונים שהוציאו. עקב כך לא הוגדרה יריעת המחלוקת ביניהם והתעכב קידום יישובה. מחלוקות שבו ועלו גם לאחר שנתיים ממועד שבו לכאורה כבר סוכמו, ובעקבות כך היה צורך בדיון מחודש.
במרס 1992 "נטשה" תעש בפועל את המתחם, אולם פעולותיה במתחם מלמדות כי לא התנתקה ממנו. תעש לא פעלה די למניעת כניסת בלתי מורשים למתחם, ולא פעלה שגורם אחר יעשה כן, כדי להקטין את הסיכון לשלום הציבור הנובע ממצבורי התחמושת והנפלים.
בשנת 1992 דרשה המשטרה מתעש לאבטח באופן אינטנסיבי את שטח הנפלים. תעש גידרה אותו בגדר בקר בלבד והוסיפה שילוט. המשטרה הסתפקה בכך, וסברה שתעש ומשהב"ט מטפלים בבעיה. לאחר כ-12 שנה (בינואר 2004) התריע מפקד מחוז מרכז במשטרה על המצב המסוכן השורר בשטח שיש בו משום סכנה ממשית ומוחשית לבני האדם.
במהלך השנים לא לקח על עצמו משהב"ט אחריות על מצבורי התחמושת, על פינוים, על אבטחתם ועל מציאת הפתרון לפינוים או לאבטחתם. כל זאת על אף הסכנות הבטיחותיות והביטחוניות לשלום הציבור מקיום מצבורי תחמושת שלא אובטחו, והנגישות למצבורים מצד גורמים עוינים וגורמים פליליים, ועל אף פניות תעש והמינהל למשהב"ט. גם הממונה על הביטחון במערכת הביטחון (מלמ"ב) לא פעל בתקיפות כדי שתינתן החלטה בדבר הגוף האחראי להוצאת הנחיות ביטחון לאבטחת שטח הנפלים (מלמ"ב או המשטרה), למרות שידע על המצב בשטח. כך נפל נושא האבטחה "בין הכסאות". רק בנובמבר 2003 הנחה מנכ"ל משהב"ט על הצבת שמירה בשטח הנפלים, בלי לקחת אחריות כוללת על מצבורי התחמושת ופינוים.